Менахем колесил по бескрайним просторам СССР, спал на вокзалах, часто «путешествовал» на крышах товарных вагонов, голодал. Он сам отыскал польскую армию и записался в ее ряды добровольцем. В 1942 году его воинская часть была отправлена в Палестину. Вскоре Бегин дезертировал и возобновил активную деятельность в «Бетаре» – возглавил его группу в Иерусалиме. В то время на территории Палестины существовало несколько еврейских организаций, боровшихся за создание независимого еврейского государства. Одни придерживались мирных методов борьбы, а другие, находясь в подполье, признавали только террор. К последним принадлежала подпольная милиция ЭЦЕЛь (Иргун Цваи Леуми), куда и вступил Бегин. Он активизировал работу организации, став в 1943 году ее командиром. ЭЦЕЛь выступала против британской администрации и боролась за свободный въезд на родину евреев-беженцев.
В это же время очевидцы рассказали Менахему о гибели его близких: «Маму фашисты вывели из больницы и расстреляли. Отца утопили в реке вместе с еще 500 евреями. Он шел во главе колонны пленных, и все они запели по его предложению “Ани маалит” (“Я верю в приход Машиаха”) и “Хатикву” – и пели, пока их не сбросили в реку». В одном из лагерей погиб и родной брат Менахема.
С 1944 года Бегин развернул активную деятельность. ЭЦЕЛь развязала жестокий террор против английских властей в Палестине. 12 февраля 1942 года в Иерусалиме, Тель-Авиве и Хайфе были взорваны английские иммиграционные офисы, препятствующие въезду евреев на историческую родину. А еще через две недели там же прогремели взрывы в офисах налоговых служб, в результате чего погибло шесть чиновников и два террориста. Спустя два месяца от рук боевиков ЭЦЕЛь погиб британский министр по делам Ближнего Востока. Оружие террористы добывали разбойными акциями, а деньги – грабежами: однажды они остановили поезд, который вез зарплату рабочим, а затем похитили бриллианты на 38 тысяч фунтов. В ноябре по распоряжению Бен-Гуриона была начата операция «Сезон», поставившая еврейскую общину на порог гражданской войны. Не началась она только благодаря вмешательству Бегина. Михаэль Бар-Зоар, автор биографии Бен-Гуриона, писал об этих событиях: «по всей стране захватывали членов ЭЦЕЛь, во главе которого стоял Менахем Бегин. Их отводили для допросов в кибуцы, били. Члены “Хаганы” сдавали их британской полиции. Эта кампания легко могла перерасти в братоубийственную войну. Этого не произошло потому, что Менахем Бегин обратился с призывом к членам Иргуна: “Вы не должны поднимать оружие на молодых евреев. Это наши братья. Их обманули”. Бен-Гурион выиграл сражение в борьбе за власть, хотя победа была горькой. Слепая ненависть разделила еврейскую общину».
1945 год стал для англичан сплошным кошмаром.