Несмотря на все эти перипетии, Галлей продолжал сотрудничать с Королевским обществом. С 1685 по 1693 год он был редактором «Новостей философии». В 1686 году ученый опубликовал статью, в которой объяснил причины возникновения пассатов и муссонов. К работе прилагалась карта мира, на которой Галлей изобразил преобладающие ветра. Эта карта считается своеобразной прародительницей метеорологических карт.
В 1695 году Галлей снова обратился к вопросу об орбитах комет. Он создал метод расчета орбит комет и открыл периодичность появления некоторых комет, самой известной из которых стала комета, впоследствии названная его именем. Лучше всего суть последнего открытия Галлея можно передать цитатой из его работы: «Довольно многое заставляет меня думать, что комета 1531 г., которую наблюдал Апиан, была тождественна с кометой 1607 г., описанной Кеплером и Лонгомонтаном, а также с той, которую наблюдал я сам в 1682 г. Все элементы сходятся почти в точности, и только неравенство периодов, из которых первый равен 76 годам 2 мес., а второй 74 годам 10.5 мес., по-видимому, противоречит предположению о тождестве, но разность между ними не столь велика, чтобы ее нельзя было приписать каким-либо физическим причинам. Мы знаем, что движение Сатурна так сильно возмущается другими планетами, особенно Юпитером, что время его обращения известно лишь с точностью до нескольких дней. Насколько же больше должна подвергнуться таким влияниям комета, уходящая от Солнца почти в четыре раза далее Сатурна! Поэтому я с уверенностью решаюсь предсказать ее возвращение на 1758 г. Если она вернется, то не будет больше никакой причины сомневаться, что и другие кометы должны снова возвращаться к Солнцу».
Дальнейшая жизнь Эдмунда Галлея была наполнена весьма причудливыми событиями. В 1696 году Ньютон стал смотрителем Королевского монетного двора. Он устроил Галлея инспектором в Честере. Ученый два года вполне исправно выполнял свои новые обязанности. В 1698 году король Вильгельм III выделил в распоряжение Галлея военный корабль и поручил ученому провести исследования, связанные с измерением долготы. Проводя измерения и выполняя различные задания Вильгельма III, а затем Анны Стюарт, Галлей провел в плаваниях пять лет. На основании полученных данных он составил первую карту магнитных склонений.
В 1704 году Галлей получил место профессора геометрии в Оксфорде. В этой должности он состоял до 1720 года. В 1718 году ученый сравнил координаты звезд, указанные