Восстание в Каире
Не догадывавшиеся о грядущих волнениях французы продолжали обживаться в незнакомой стране. Благодаря усилиям Наполеона по общественному переустройству, восстановлению хозяйственных объектов и улучшению экономики, их положение в Египте к осени 1798 года стало стабилизироваться. Армия имела достаточно продовольствия и лошадей, успела отдохнуть и уже не так тяжело переносила непривычные климатические условия, тем более что самое жаркое время осталось позади.
Наступило небольшое затишье, пользуясь которым, Бонапарт активно занялся подготовкой легионеров к будущим боям. Для прикрытия пехоты от кавалерийских атак мамелюков изготавливались специальные колья с металлическими наконечниками. Скрепленные между собой цепями, они должны были устанавливаться перед французским каре. Кавалеристы приучали лошадей не бояться оружейной и артиллерийской стрельбы, а для себя изготавливали седла арабского типа. Артиллеристы переделывали свои упряжки для использования верблюдов, мулов и буйволов. На побережье строились новые батареи. Наряду с этим отдельные подразделения по приказу Бонапарта продолжали вести боевые действия в различных регионах Египта: генерал Дезе с 5 тысячами солдат и речной флотилией, преследуя в Верхнем Египте Мурад-бея, нанес ему поражение в битве под Седимане. Ему понадобились долгих пять месяцев (с сентября 1798 года по январь 1799-ш), чтобы покорить весь Верхний Египет. Тем временем Клебер успешно завоевывал дельту Нила.
Однако Наполеон понимал, что успех в войне обеспечивают не только боевые действия. Если турки и мамелюки отстранили местных шейхов от дел управления и правосудия, то он передал им уголовное и гражданское судопроизводство, а также спорные административные вопросы. Это быстро подняло авторитет шейхов в народе. Он хорошо усвоил уроки «идеологов», в первую очередь Вольнея, который говорил: «Чтобы утвердиться в Египте, придется выдержать три войны: первую – против Англии, вторую – против Порты, а третью – наиболее трудную из всех – против мусульман, составляющих население этой страны». Вот эта-то, третья, требовала от Бонапарта особенно много сил и энергии. Занимаясь общественным переустройством Египта, налаживанием дружеских связей с населением, он обратил внимание на идеологический центр местного мусульманского общества – школу мечети Аль-Азхар, основанную Саладдином и являвшуюся гордостью Востока. Преподававшие в ней 60 докторов богословия постоянно занимались вопросами мусульманской веры и толкованием Корана. Понимая, что именно их суждения во многом формируют общественное мнение в стране, Наполеон