Большинство уцелевших от разгрома братий бежало в город Старая Ладога на юго-восточном берегу Ладожского озера. По повелению царя Михаила Феодоровича в распоряжение братии был предоставлен находившийся в городе Васильевский монастырь. Здесь валаамские иноки построили скромную деревянную церковь, освященную в честь Преображения Господня.
Более двухсот лет спустя по возобновлении Валаамской обители игумен-строитель Дамаскин перевез этот ветхий, но драгоценный для истории монастыря деревянный храм на Валаам. Он был восстановлен на Предтеченском острове. По сохранившимся описаниям, внутреннее убранство храма было крайне просто, но вместе с тем изящно. Деревянная часть иконостаса – из украшенной резьбой сосны. Иконы написаны в старинном стиле. Бревенчатые стены не были ни облицованы, ни покрашены.
Иноки перед входом в скитскую церковь на острове святого Иоанна Предтечи. Слева направо: наместник иеромонах Исаакий, настоятель на покое архимандрит Павлин, келейник настоятеля рясофорный монах Марк (Шавыкин), настоятель игумен Харитон, схимонах Пионий, схиигумен Иоанн и водитель моторной лодки иеродиакон Рафаил
Монахи в саду Предтеченского скита
Внутренний дворик скита Иоанна Предтечи
Кроме храма, на острове построили небольшой дом по старинным обычаям, в котором жили скитяне. Во дворе имелся колодец. Все три сооружения: храм, дом и колодец – были обнесены дощатой оградой. Перед церковью разбит был небольшой сад с яблоневыми деревьями и ягодными кустами. По всему острову с течением времени были построены скромные бревенчатые келлии для пустынников.
Скит Иоанна Предтечи предназначался для тех, кто избрал для себя более суровый образ подвижничества. Поэтому и пост там соблюдался строже. Такие продукты, как молоко, масло и яйца, там никогда не употребляли в пищу. Не благословлялась также рыба, а добавление растительного масла разрешалось лишь в редкие дни.
На этом уже знакомом острове, по которому отец Иакинф так тосковал, он и поселился вскоре после своего возвращения на Валаам. Тогда же бывшего игумена постригли в великую схиму – наивысшую ступень монашества. Он стал монахом-пустынником, главное послушание которого – непрестанная молитва о спасении своей души и о душах всех скорбящих. При схимническом постриге его вновь нарекли Иоанном. Официальным его званием стало звание схиигумен, которое дается ушедшему на покой бывшему настоятелю монастыря, постриженному в схиму.
Отец Иоанн так вспоминает о своей жизни