Как-то возвращаясь после очередного налета, флот Коссы попал в сильный шторм. Погибли все суда и весь награбленный груз, в том числе пятьсот рабов. Вместе с Коссой в лодке спаслись только Яндра, Ринери Гуинджи и одноглазый гигант Гуиндаччо Буонакорсо. Более суток мотало их по морю, пока не выбросило, полуживых, на берег. В лодке Балтазар и Гуиндаччо дали обет, что в случае спасения станут священнослужителями. Купив у какого-то пастуха осла для Яндры, потерпевшие кораблекрушение тайно стали пробираться вдоль берега, но через три дня были опознаны жителями и, несмотря на отчаянное сопротивление, схвачены. Их поместили в подвале какого-то дворца. Случаю было угодно, чтобы во дворце в этот момент оказался папа Урбан VI, как раз ведший борьбу с коалицией светских и духовных князей, противников его избрания. Урбану VI обманом удалось захватить нескольких кардиналов, епископов и архиепископов и подвергнуть их пыткам, чтобы они «признали свою вину»; в этом случае можно было бы вместо них назначить своих приверженцев.
Источники не указывают имени человека, которому Урбан VI поручил следствие над кардиналами. В них говорится только, что «следствие… понтифик поручил бывшему пирату, ставшему священнослужителем». Варианты, конечно, возможны, но уж слишком бросаются в глаза совпадения. Итак, Косса, безмерно разбогатевший, отошел от беспокойной жизни пирата, а точнее – сменил ее на стезю папского тайного агента. Позднее Коссе довелось выполнять тайные поручения нескольких пап: он самолично пытал и казнил кардиналов, обвиненных в заговоре.
Вновь избранный после смерти Урбана VI папа Петр Томачелли, принявший имя Бонифация IX, был другом семьи Косса и ровесником Балтазара, но в отличие от последнего слыл безграмотным невеждой. Он немедленно назначил Коссу архидиаконом в собор Святого Евстафия для того, чтобы способный помощник был всегда при нем в Ватикане. По мнению современника и биографа Коссы секретаря Ватикана Дитриха фон Нима, Бонифаций IX не мог ничего решить самостоятельно, и всеми делами фактически заправлял Косса. Он составлял папские буллы и энциклики, писал тексты анафем, которые папа направлял своим врагам, устанавливал цены за должности, объявлял аукционы по ним и придумывал другие способы пополнения папской казны. Балтазар стал незаменимым человеком при папском дворе и пользовался выгодами своего положения. Его друзья, спасшиеся вместе с ним при кораблекрушении, а затем из крепости, получили выгодные должности, а Яндру Балтазар поселил в одном из роскошнейших римских палаццо и навещал ее по ночам, не упуская, впрочем, возможности встречаться и с другими женщинами. Он внимательно следил за изменениями в политической жизни. Когда один из противников Бонифация IX,