С 7 августа до начала осеннего ледостава действовала Онежская военная флотилия, сформированная для поддержки сухопутных войск. Дунайская флотилия оказалась единственной, которая не только не отступала в первые дни войны, но даже перешла в наступление. После отхода с Дуная флотилия не исчезла, ее ядро послужило основой для Азовской флотилии.
Особенно сложно оказалось воевать морякам Пинской военной флотилии. Она была в 1939 году преобразована из Днепровской, когда границу переместили на запад после присоединения к СССР Западной Украины и Западной Белоруссии. По предложению Наркомата ВМФ речные корабли передвинули ближе к новой границе, а командование флотилии расположили в Пинске. Киев, который являлся прежней базой, считали тыловым городом. Морякам флотилии пришлось принять бой на стыке групп германских армий «Юг» и «Центр». Зачастую из-за ненадежной связи моряки флотилии под командованием Д.Д. Рогачева действовали самостоятельно, поддерживая части Красной армии. Последние бои флотилия вела 15–19 сентября под Киевом, в окружении. 5 октября Н.Г. Кузнецов с горечью подписал приказ о расформировании флотилии. Но ее личный состав продолжил борьбу. Расстреляв снаряды, моряки взорвали корабли, воевали на суше; часть их через линию фронта вернулась на флот[62].
Дальний Восток располагался вдали от линии фронта. Однако Тихоокеанский флот оставался в боевой готовности. Договор о нейтралитете с Японией, подписанный 13 апреля 1941 года, не мог служить гарантией безопасности, как и договор о ненападении с Германией. Только необходимость нанести поражение США и овладеть источниками природных ресурсов в Юго-Восточной Азии сдерживала японцев; на Советский Союз они планировали напасть после успешного завершения войны на Тихом океане. 8 декабря 1941 года Япония объявила о закрытии для мирного судоходства проливов Лаперуза, Сангарского и Корейского, которые она объявила «морскими оборонительными зонами». Японцы топили и захватывали советские суда. Поэтому тихоокеанцам следовало быть начеку. Кузнецову удалось добиться у правительства разрешения поставить минные заграждения; постановки у Владивостока и других военно-морских