Если другие флоты только оборонялись, Черноморский флот и Дунайская флотилия в начале войны даже переходили в наступление. Первоначально флот действовал традиционно. Входы в базы прикрыли минными заграждениями. Подводные лодки вышли на патрулирование к неприятельским берегам. Морская авиация наносила удары по объектам в Румынии. Основными целями стали нефтяные месторождения в Плоешти и порт Констанца, через который вывозили нефть в Германию. Обстрел Констанцы осуществили и надводные корабли. Дунайская флотилия, отразив нападение, сама высадила десант на румынский берег. Командование ожидало от неприятеля высадки крупного воздушного десанта в Крыму по образцу захвата Крита. И действительно, Гитлер в приказе от 21 августа объявил одной из важнейших целей наступления на юге захват Крыма с его аэродромами. Однако задачу эту решали силами сухопутных войск.
Первые недели, пока неприятельские войска двигались сравнительно далеко, основными оставались традиционные вопросы. Подрыв на магнитных минах эсминца «Быстрый» и других судов вызвал необходимость изучить устройство этих мин и найти средства для борьбы с ними. Сотрудничество моряков с учеными позволило разработать магнитные тралы, а также ввести систему размагничивания для боевых кораблей.
22 июня 1941 года нарком ВМФ Кузнецов предписал ставить минные заграждения перед черноморскими портами. Это требование вытекало из того, что в Москве опасались появления на Черном море итальянского флота или нападений румынских и германских кораблей с целью выставить мины на подступах к портам. Мины, выставленные за июнь – июль, стали причиной затруднения для отечественного судоходства, на них погибло несколько кораблей и судов.
Сам Кузнецов считал, что потери на своих минных полях происходили из-за плохой организации переходов судов и слабой подготовки лоцманов[52]. В одной из книг своих мемуаров он писал, отвечая тем, кто критиковал минные постановки у черноморских портов при отсутствии опасности от неприятельских флотов:
«Бесспорно одно: