Mit den gesammelten Pflanzen, Gesteinsproben, lebenden Tieren und menschlichen Skeletten zogen Humboldt und Bonpland auf Maultieren durch die venezolanischen Ebenen nach Neu-Barcelona. In einem kleinen offenen Schmugglerboot, das Kakao zur Insel Trinidad brachte, fuhren sie weiter nach Cumaná, um sich dort nach Kuba einzuschiffen, wurden aber auf der kurzen Küstenfahrt von einem Kaperschiff aus Halifax (Kanada) gestellt. Während Humboldt mit dem Kapitän verhandelte, weil er keine Lust hatte, nach Neuschottland verschleppt zu werden, schickte die Vorsehung eine englische Korvette vorbei, deren Kapitän mit George Vancouver die amerikanische Westküste zwischen San Francisco und Alaska erforscht und kartiert hatte und aus englischen Zeitungen über die Reise des Kollegen Humboldt informiert war. Die Korvette lieβ das Kakaoboot laufen, aber von Cumaná ging es erst einmal nicht weiter. Die regulären Paketboote von La Coruña nach Mexiko und Kuba waren seit Monaten ausgeblieben, wahrscheinlich von britischen Kreuzern aufgebracht worden. Nur Humboldts Affen, die er der Menagerie im Pariser Botanischen Garten vermachen wollte, kamen von Cumaná weg, mit einem ganzen Geschwader französischer Schiffe, die nach Guadeloupe gingen. Humboldt und Bonpland entschlossen sich, wieder nach Neu-Barcelona zurückzufahren, denn von dort sollte ein kleines nordamerikanisches Schiff, das Pökelfleisch lud, nach Kuba abgehen. Nach 16 Monaten in Venezuela und 25-tägiger Überfahrt, bei der sie vor der Südküste Jamaikas beinahe an den Klippen zerschellt wären, kamen sie kurz vor Weihnachten 1800 in La Habana an.
Auf Kuba entschloss sich Humboldt, nach Nordamerika überzusetzen, bis zu den Groβen Seen hinaufzugehen, auf dem Ohio und dem Mississippi nach Louisiana hinunterzufahren und dort den wenig bekannten Landweg nach Mexiko einzuschlagen. Kaum hatte er diesen Entschluss gefasst, da brachten amerikanische Zeitungen die Meldung, dass die seit Langem geplante französische Expedition unter Kapitän Baudin nun endlich von Le Havre abgegangen sei und in einem Jahr in Lima erwartet werde. Humboldt hatte mit Baudin in Paris abgesprochen, von Algier oder Tunis aus zur Expedition zu stoβen, sobald die Fahrt losginge. Aus La Coruña hatte er Baudin mitgeteilt, dass er statt nach Nordafrika nach Spanien gegangen sei, im Begriff stehe, nach Amerika zu fahren, und sich Baudin anschlieβen wolle, wo immer in den spanischen Überseebesitzungen der Kapitän anlegen möge, ob in Montevideo, Chile oder Lima. Nun ließ Humboldt seinen Nordamerika-Plan fallen, um nach Lima zu gehen, und fragte Baudin brieflich, ob er dort an Bord gehen dürfe. Falls nicht, werde er seine Reise einfach nach Acapulco (Mexiko) und dann über die Philippinen und Persien bis Marseille fortsetzen. Eine Antwort konnte er nicht abwarten, zumal es fraglich war, ob Briefe, die zusammen mit anderen Dokumenten bei unangenehmen Begegnungen mit Schiffen verfeindeter Länder zuerst über Bord geschmissen wurden, überhaupt ankamen. Humboldt und Bonpland beeilten sich, wieder nach Südamerika zu kommen, sie entschieden sich für den Landweg über Bogotá und Quito anstelle des langwierigen und langweiligen Seewegs von Acapulco oder Panama über Guayaquil (Ecuador), auf dem sie gegen den später so genannten Humboldt-Strom hätten anschwimmen müssen. Auf dem Landweg mussten sie bloβ über »die ungeheure Cordillere der Anden« steigen, aber das hatte unter anderem den Vorteil, dass Humboldt dann eine allein auf eigenen Beobachtungen beruhende Karte ganz Südamerikas nördlich des Amazonas erstellen konnte. Sie machten – groβenteils zu Fuβ – 3600 Kilometer über Land, das sie gar nicht hatten betreten wollen, doch Baudin trafen sie nicht, und die Südsee befuhren sie auch nicht. Ihre gesamte Amerikareise mutet erratisch an, erratisch wie das Leben selbst, aber darin besteht wohl auch ein Reiz, es wäre weniger lebhaft, verliefe es nach Plan.
In Batabanó an der Südküste Kubas nehmen Humboldt und Bonpland ein kleines Schiff, bei äuβerst schwachen Winden brauchen sie fast einen Monat für die Überfahrt, kurz vor Cartagena de Indias (Kolumbien) geraten sie in einen Sturm und kentern fast, ganz wie auf dem Orinoko, das Schiff legt sich auf die Seite, das Steuer gehorcht nicht mehr, nur durch beherztes Kappen der Taue richtet das Boot sich wieder auf. In einer Piroge mit indianischer Rudermannschaft fahren sie den angeschwollenen, mächtig strömenden Río Magdalena wochenlang stromaufwärts, bis Honda, dort steigen sie mit schwer bepackten Maultieren einen schmalen Pfad nach Bogotá hinauf, wo sie zwei Monate bleiben, Bonpland hat wieder Fieber. Humboldts Gesundheit dagegen »ist so gut als sie vorher nie war«, und er ist »äuβerst glücklich«, wie er seinem Bruder schreibt. Über Cartago, Popayán und Pasto gehen sie nach Quito, sie stapfen durch Sümpfe und reiβen sich an den Stacheln des Bambusschilfs Schuhe und Füβe auf, zwei Monate lang werden sie bei Tag und Nacht von Regengüssen durchnässt und ertrinken beinahe, als bei einem Erdbeben plötzlich das Wasser steigt. Auf den Hochebenen hingegen toben Schneestürme und herrscht eine erbärmliche Kälte. Sie besteigen die Vulkane bei Quito, legen sich über Kraterrände, schauen in abgrundtiefe Schlünde und ersticken fast an den Schwefeldämpfen, während alle zwei, drei Minuten heftige Erdstöβe die Kraterränder erschüttern. Sie besteigen den Chimborazo, der bis zur Vermessung der Himalaya-Spitzen als höchster Berg der Welt galt, und obwohl sie den Gipfel nicht erreichen, stellen sie doch einen alpinistischen Rekord auf, der fast 30 Jahre halten sollte. In der dünnen Luft auf knapp 6000 Metern wird ihnen schwindelig und übel, sie bluten aus Zahnfleisch und Lippen, nicht einmal der Kondor lässt sich in diesen Höhen blicken.
Humboldt und Bonpland stiegen ins heiβe Tal des Amazonas-Quellflusses Río Marañón hinab, kletterten die westlichste der Andenketten hoch, um in die Küstenebene Perus hinunterzusteigen, und sehnten sich schon seit Tagen danach, wie Núñez de Balboa den Pazifik zu erblicken, da zerriss auf dem höchsten Punkt des Passes tatsächlich die Nebelwand. Der ganze Westhang der Kordillere bis zur Küste bei Trujillo lag erstaunlich nah vor ihren Augen, und die Südsee strahlte wie eine groβe Lichtmasse, die in ihrer Unermesslichkeit gegen den Horizont anstieg. So mochte dem Kolumbus, als er an der Orinoko-Mündung Paradiesluft witterte, der Ort des ersten Lichtstrahls erschienen sein. Es war für Humboldt und Bonpland ein feierlicher und zugleich wehmütiger Anblick, denn inzwischen hatten sie erfahren, dass die Korvetten Baudins nicht den Hafen von