В одном из писем к жене Н. И. Пирогов пишет:
Я люблю Россию, люблю честь родины, а не чины; это врожденное, его из сердца не вырвешь и не переделаешь, а когда видишь перед глазами, как мало делается для отчизны… так поневоле хочешь лучше уйти от зла, чтобы не быть, по крайней мере, бездейственным его свидетелем…
Многие лекарства Н. И. Пирогов покупал на свои деньги и радовался, что можно было спасти купленным им хлороформом или хиной хотя бы сотню раненых. Из Петербурга вместо перевязочных материалов приходили сигареты и чай… От нерадивости многих начальников у него опускались руки. Ах, если бы были нужные медикаменты, то многие из солдат были бы живы! Сколько слез пролил Н. И. Пирогов у постели умирающих, оставшихся умирать без необходимых медикаментов. Своей жене, его близкому другу, он описывает ужасающие условия, в которых находились больные: «раненые лежат в грязи, как свиньи, с отрезанными ногами. Я, разумеется, об этом сейчас же доношу главнокомандующему, а там злись на меня кто хочет, я плюю на все…врачи действительно виноваты, что они, как пешки, не смеют пикнуть, гнутся, подличают и, предвидя грозу от разъяснения правды, молчат…»
Н. И. Пирогов считал, что если Севастополь падет, то только от интриг высшего командования, их чиновничьих притеснений. Когда физические, моральные и духовные силы Н. И. Пирогова были на исходе, он едет в Петербург – находясь в Севастополе, он не в силах был улучшить судьбу раненых и хотел путем хождения по верхам изменить их положение. Он обращается с докладной запиской к военному министру и излагает план, в котором предлагает поменять организационную структуру медицинского обеспечения армии в Крыму. Но они – верхи – устали от замечаний Пирогова, и директор медицинского департамента по приказу военного министра, прочитав докладную записку ученого, накладывает свою резолюцию: «Записка Пирогова не заслуживает, чтобы ей давали какой-либо ход». «Он лезет не в свое дело, разве можно организовать качественную медицинскую помощь на войне» – это голос чиновников. «Централизация» и независимость медицинской службы на войне необходимы, чтобы не зависеть от недобросовестных снабженцев госпиталей и безграмотных начальников госпиталей и подчиняться одному главнокомандующему», – таково мнение Н. И. Пирогова. Было все – споры, разговоры, но не было дела. Более того, военное ведомство категорически против второй поездки Н. И. Пирогова в Крым. За него вступилась великая княгиня Елена Павловна: «Я выложу все свои сбережения… К чему мне они, если там так запросто убивают русских солдат». И добилась своего. Но перед этим она на одном из вечеров императорского двора познакомила Н. И. Пирогова с молодой императрицей, сочувствующей ему. В разгар их беседы вошел император Александр II, которому великая княгиня представила Н. И. Пирогова. И когда государь спросил, правда ли, что чиновники обворовывают в Крыму всю армию, тот ответил «да» и добавил, что он свидетель