Большая часть врачей встретила в штыки «Анналы». Н. И. Пирогова открыто ругали и проклинали за откровенное признание своих ошибок. Другие – их было мало – считали, что таким образом ученый предостерегает своих коллег от подобных ошибок. Один из университетских профессоров М. Энгельгард сказал ученому: «Ваши «Анналы» – отличная вещь! Врачебная честность необходима как воздух. Только она может спасти нас, образумить и снять гордыню». Для Н. И. Пирогова всегда было делом чести отвечать за каждую свою совершенную ошибку и не скрывать этого.
С каким трепетом Н.И. Пирогов принял заведование кафедрой хирургии, решив сразу, что не ради оклада должен ее занимать, а ради «святой любви к науке».
«Мог ли же я, молодой, малоопытный человек, быть настоящим наставником хирургии?! Конечно, нет, и я чувствовал это. Но раз поставленный судьбой на это поприще, я что мог сделать?
Отказаться? Да, для этого я был слишком молод, слишком самолюбив и слишком самонадеян. Я избрал другое средство, чтобы приблизиться сколько можно к тому идеалу, который я составил себе об обязанностях профессора хирургии. В бытность мою за границей я достаточно убедился, что научная истина далеко есть не главная цель знаменитых клиницистов и хирургов.
Я убедился достаточно, что нередко принимались меры в знаменитых клинических заведениях не для открытия, а для затемнения научной истины.
Было везде заметно старание продать товар лицом. И это было еще ничего. Но с тем вместе товар худой и недоброкачественный продавался за хороший, и кому? – молодежи – неопытной, незнакомой с делом, но инстинктивно ищущей научной правды.
Видев все это, я положил себе за правило при первом моем вступлении на кафедру ничего не скрывать от моих учеников, и если не сейчас же, то потом и немедля открывать пред ними сделанную мною ошибку, будет ли она в диагнозе или в лечении болезни».
Многие дерптские профессора относились к Н. И. Пирогову с пренебрежением, не могли смириться с тем, что он русский, считали, что русские вообще не могут заниматься наукой.
И часто ему вслед буквально шипели как змеи: этот русский, ишь, храбрится, чего захотел – в люди выбиться. Очень трудно было Н. И. Пирогову одному среди сплошной массы иностранцев. Поначалу трудно было ему и со студентами, которые вели себя предвзято с Н. И. Пироговым, тем более, что лекции он читал на немецком языке, который недостаточно знал. Но вскоре честность и открытость профессора покорили студентов. После первой лекции он обратился ко всем в аудитории со словами: «Господа, вы слышите, что я худо говорю на немецком, по этой причине я, разумеется, не могу быть так ясным, как бы этого желал, почему прошу вас, господа, говорить мне каждый раз после лекции, в чем я был недостаточно вами понят, и я готов повторять и объяснять любые препараты».
Кроме того, свои лекции Н. И. Пирогов старался иллюстрировать, например, читая им «Учение о суставах», показывал азы этого предмета