7 августа 1999 г. Басаев и уроженец Саудовской Аравии исламист Ибн Аль-Хаттаб предприняли хорошо спланированное вторжение 1 500 боевиков в соседний Дагестан. Их целью было установление на территории Дагестана исламского режима, первый шаг к созданию исламского сверхгосударства на Северном Кавказе. Это нападение вынесло Путина на политический олимп. Уже на следующий день президент Ельцин назначил своего секретаря Совбеза исполняющим обязанности премьер-министра и поручил ему разрешить возникшую дагестанскую проблему.
Внезапное появление из ниоткуда Путина в качестве будущего лидера страны было ошеломляющим. Он по-прежнему оставался неизвестен ни стране в целом, ни большинству правящей элиты. Но в течение нескольких последующих месяцев он стал новым лицом России – жестким, энергичным, безжалостно реагировавшим на все более дерзкие нападения чеченских террористов.
В сентябре в течение двух недель четыре взрыва разрушили жилые дома в Буйнакске, Москве (дважды) и Волгодонске. Погибли почти 300 человек. Ответственность за взрывы возложили на чеченцев, что, с учетом вторжения в Дагестан, дало Путину повод при необходимости начать вторую чеченскую войну. На встрече с Биллом Клинтоном 12 сентября возбужденный Путин показал ему карту Чечни и рассказал о своем плане уничтожения сепаратистов. «Они – не люди, – резко заявил он позднее представителям прессы. – Их даже нельзя назвать животными, или если это животные – то животные бешеные».
Взрывы жилых домов явились для Путина удобным поводом для начала войны и так повысили его рейтинг, что некоторые в России даже предположили, что эти взрывы были организованы ФСБ. «Теории заговора» в России настолько распространены и настолько нелепы, что если в них поверить, то придется заново переписать практически всю ее историю. Но серьезные подозрения вызвал пятый инцидент, в Рязани, где милиция, действовавшая по наводке, предотвратила очевидный теракт. В подвале жилого дома были обнаружены три мешка с белым порошком и детонаторами. Пока мешки извлекали и перемещали в безопасное место, пришлось эвакуировать несколько сот местных жителей. Путин лично поблагодарил бдительных граждан, которые обратили внимание на то, как в подвал заносили подозрительные мешки. Однако когда людей, подозреваемых в подготовке взрыва, задержали, они оказались сотрудниками ФСБ. Председатель ФСБ позже заявил, что это были «учения» для проверки бдительности после предыдущих взрывов и что в мешках находился сахар. Но рязанское отделение ФСБ ничего об этих учениях не знало и выразило удивление в связи с подобным заявлением.
Со взрывами домов связано еще несколько загадочных обстоятельств. Например, спикер Государственной думы заявил парламенту, что получил сообщение о взрыве в Волгодонске 13 сентября – в день одного из московских взрывов, но на три дня раньше волгодонского.