Преподобный Афанасий проводил жизнь свою в страхе Господнем, тому же учил и братию, и строго внушал не слушать учений людей, отступивших от древнего Православия. Дни и ночи проводил он в молитве и, окруженный опасностями и напастями, все надежды возлагал на благодать Божию. Каждую субботу он положил себе за правило читать акафист Матери Божией, и Царица Небесная утешила его явлением своим и словами: «Иди, слуга мой, смело говори сенату и королю, чтобы не тревожили святой православной веры, иначе навлекут они на себя Суд Божий и преданы будут во власть сильного царя и народа». Повинуясь Матери Божией, он объявил сенаторам, чего поляки должны ожидать за кровавые притеснения православия, и открыл послам русского царя в Варшаве, что иезуиты приготовляют опасного врага для России, мнимого сына Марии Мнишек, и в доказательство представил несколько писем, в которых шляхтич Луба называет себя царевичем.
Послы потребовали выдачи самозванца, но иезуиты скрыли его. Афанасий смело повторял сенаторам, что злые люди только себе во вред преследуют Православие и злоумышляют против православного царства. Поляки заковали его и заключили в тюрьму в Варшаве и условием свободы его положили свободу Лубы. Иезуиты употребляли все усилия, чтобы мстить Афанасию, из варшавской тюрьмы перевели его в краковскую, при чем он претерпел многие раны, брань, голод и вериги в темницах. Русские послы сильно заботились о спасении невинной жертвы, и в конце 1645 года его выпустили из темницы. В Киеве он окончил записки своей печальной жизни в 1646 году.
Когда Богдан Хмельницкий восстал на защиту Православия, преподобный Афанасий открыто проповедовал о вреде унии, и за несогласие его признать законность унии и потворствовать произволу человеческому, его заключили в брестскую подземную темницу и заковали в кандалы. Не склоняясь ни на происки, ни на угрозы, он смело провозглашал гнев Божий польскому правительству за оскорбление прав человечества и за защиту тех, кто нагло оскорблял откровение Божие для прихотей человеческих. Когда ему было объявлено, что решено предать его позорной смерти, он безбоязненно объявил: «Конечно, отступники от святой веры, надменные ложным просвещением, еще немалое время будут преследовать исповедников истины небесной, но будет время, когда в Бресте и во всей окрестной стране процветет Православие и слава его уже не померкнет. Там, где будет лежать мое тело, козни врагов, отступников от святой веры, будут безсильны». Святой исповедник был обезглавлен 5 сентября 1648 года. Мощи его почивают открыто в соборном храме Симонова монастыря в Брест-Литовске.
Современники его писали, что «имать церковь Христова малороссийская в Брест-Литовском граде прежде лет 40 веры ради страдавшего иеромонаха Афанасия, которого и доселе мощи нетленны пребывают». Георгий Конисский в свое время радостно говорил в слух православных и неправославных, что к числу нетленно почивающих святых надобно отнести преподобномученика нашей