В казаках возникли новые неудовольствия: жаловались на нищету свою, укоряя вождей в богатстве, ими набранном, и грозили умертвить их и бежать. Архимандрит и келарь, не колеблясь, собирают последние сокровища Лавры – ризы и стихари, саженные жемчугом, и посылают их казакам, умоляя не покидать отечества. Казаки умилились, возвратили обители ее пожертвования и поклялись понести все трудности и лишения. Китай-город был взят приступом, а Кремль сдался. Дионисий в числе всего освященного Собора принял участие в благодарственном пении, совершенном на лобном месте.
По освобождении отечества, восшедший на престол царь Михаил Феодорович, по просьбе Дионисия, подтвердил права Лавры, повелев возвратить на свои места разбежавшихся земледельцев – и деятельностью Дионисия начали изглаживаться мало-помалу следы разорения в обители.
Одновременно с этими трудами сильному духом благодатным Дионисию Судьбами Божиими суждено было вступить в новый подвиг – подвиг исповедничества святой веры. В 1616 году царь поручил ему со старцем Арсением и священником Иоанном пересмотреть требник, напечатанный в 1602 году, и проверить его с греческими подлинниками и древними славянскими списками. Ошибок оказалось множество, и иные крайне грубые. Положили ошибки исправить – их насчитывалось более сорока. Представили Крутицкому митрополиту Ионе, который, с бывшим при нем собором, обвинил Дионисия в ереси и осудил на заточение в дальний монастырь, но так как враги не были еще изгнаны окончательно из отечества и проезда не было, то и возвращен был Дионисий с пути обратно в Москву, где был заперт в Новоспасский монастырь. Велено было его бить и мучить сорок дней в дыму на полатях и сверх служб церковных заставлять класть ежедневно по тысяче поклонов. Мужественный воин Христов к этой наказательной епитимии приложил еще ежедневных тысячу поклонов, добровольно приносимых. Наложили пеню в 500 рублей, которой – не заплатил, потому что ничего не имел; подвергался многообразным оскорблениям, в оковах железных водимый к допросу на Патриарший двор или возимый на худой лошади, при чем чернь бросала в него грязью и каменьями, как в еретика, уличенного в ереси. «Милость Божия явилась надо мной великая, – говорил он тем, которые выражали ему свое сострадание, – ибо господин мой и отец, преподобный Иона митрополит, свыше всех человеков сотворил мне добро; по делам моим он меня смиряет: это искушение к просвещению души моей. Все беды и напасти в веке сем не суть беды, а милость Божия, но вот беда – быть вечно мучиму в геенне огненной». Целый год нес Дионисий этот крест свой – пока правда превозмогла.
Наступило патриаршество Филарета Никитича, родителя царского. С востока прибыл в Москву Иерусалимский патриарх Феофан и предложил соборно рассмотреть дело Дионисия. Призванный