Постоянно строгая жизнь преподобного не нравилась многим, его кроткие убеждения не принимались. Братия требовала от старца послабления. Разгоревшись самочинием, они отняли у него ключи от церквей и монастырских служб, увлекли в свое сообщество ближайшего ученика старца Иону Мамина, составили самочинно избирательную на него грамоту и послали с ней к патриарху самого Иону, прося поставить его архимандритом вместо Трифона. Совершилось все по их воле, возвратился Иона архимандритом и стал преследовать святого учителя своего не только насмешками и ругательствами, но даже и заключением.
Старец опять пошел странствовать и направился в город Слободск, где основал монастырь Богоявленский. Никита Строганов, еще в Москве знавший старца, построил для него в Сольвычегодской Введенской обители келью, снабдил его средствами на поездку в Соловецкий монастырь – дав ему свое собственное судно с запасами и людьми. Отпустив людей, старец продал судно и запасы и, отдав вырученные деньги на Богоявленскую обитель, сам нищим странником совершил путь свой. Огорчился Строганов на такое действие старца, и когда он опять пришел в Сольвычегодск за сбором на обитель Богоявленскую, то Никита Строганов гневно прогнал его от себя, но потом, через ученика старцева Досифея, пригласил его в свой дом, прося прощения и благословения, принял преподобного с любовью и дал щедрую милостыню на Богоявленскую обитель.
Незадолго до кончины святой Трифон еще раз посетил Соловецкую обитель, и возвращаясь оттуда, направился к городу Хлынову, к любимой Успенской обители. Когда Иона отказал ему в просьбе принять его в монастырь, то он упросил диакона Максима Мальцева дать ему приют в его доме. Здесь он прожил два месяца и, видя близящийся конец свой, просил протоиерея и священников упросить настоятеля принять его. Смягчился Иона и вышел со всей братией к воротам монастырским на встречу учителя и духовного отца своего и, припав к ногам его, просил прощения. «Бог да простит тебя, сын мой, – отвечал старец, – ибо случившееся – дело старого врага – дьявола, он искони борется с боящимися Бога».
Любимой Успенской обители оставил он духовное завещание свое. Сказав о трудах своих, подъятых при основании обители, он обращается к братии: «Собранное о Христе стадо, отцы и братия! – говорит он им. – Послушайте меня, грешного. Хотя я груб и хуже всех, но Бог и Пречистая Матерь Его дозволили мне, худому, заведовать домом Своим. Молю вас для Бога и Пречистой Матери Его, имейте духовную любовь между собой. Без нее никакая добродетель не полна перед Богом. Уста Христовы изрекли ученикам: да любите друг друга. О сем разумеют еси, яко Мои ученицы есте, аще любовь имате между собою. По словам апостола Павла, друг друга тяготы носити. Не осуждайте перед Богом один другого… Прежде всего отдавайте Божие Богу… Бога ради выполняйте службу без ропота. Берегите монастырское; за монастырь без благословения настоятеля не выходите