По истечении срока ссылки в феврале 1910 г. Николаевский получил предписание отправиться к матери в Уфу, где он подлежал воинскому призыву. Наблюдение за ним было теперь усиленным, и Борис вынужден был подчиниться. В Уфе во время воинского медицинского освидетельствования рослого Николаевского сначала признали абсолютно здоровым и годным к несению службы в императорской гвардии. Но, узнав, что он политически неблагонадежен, тут же обнаружили у него какие-то шумы в сердце и объявили непригодным для воинской службы вообще.
Николаевский позже вспоминал, что уфимские врачи, проводившие освидетельствование, были старые его знакомые, сочувствовавшие социал-демократам. Они и рискнули помочь Николаевскому освободиться от армии под вымышленным предлогом. Возможно также, что и сами уфимские чиновники опасались отправлять революционера в армию. Было ясно, что и в армии Николаевский станет заниматься революционной агитацией, причем неприятности из-за этого возникнут не только у Николаевского, но и у самих уфимских чиновников, в армию его пославших.
Так или иначе, Николаевский от воинской службы был освобожден. В Уфе он попытался установить связь с местными социал-демократами. В числе его новых знакомых оказался поселившийся в Уфе молодой социалист Николай Николаевич Баранский, который был исключен из Томского университета и после нескольких арестов отошел от революционной деятельности. Теперь он, по его словам, «натаскивал идиотов», давая частные уроки, чтобы накопить денег и поступить в университет. В 1914 г. Баранский действительно поступил в Московский коммерческий институт, специализировался в области экономической географии, стал известным ученым, советским академиком, Героем Социалистического Труда (умер в 1963 г.).
Летом 1910 г. Николаевский был задержан полицией по обвинению в связи с террористами, однако через полтора месяца освобожден за недостаточностью улик. Он отправился в Самару в надежде возобновить журналистскую работу, используя старые связи, но здесь опять был арестован. Самарские жандармы оказались более дотошными. Им удалось собрать доказательства, свидетельствовавшие, что молодой человек не отказался от подрывных целей. Николаевский был предан суду и получил новую ссылку, теперь уже на три года. Его сослали в уездный городок Кемь знакомой ему Архангельской губернии.
В новой ссылке Борис начал интенсивную обработку собранного ранее и продолжавшего обновляться богатого этнографического материала, который посылал в «Известия Архангельского общества изучения Русского Севера», где регулярно печатался