После подавления Декабрьского вооруженного выступления в Москве и аналогичных столкновений в нескольких других городах революция явно пошла на убыль, хотя продолжалась еще примерно полтора года. Окончательно она была остановлена премьер-министром П.А. Стольшиным, распустившим 3 июня 1907 г. II Государственную думу и издавшим более консервативный закон о выборах, обеспечивавший в Думе господство правых политических сил. Тенденция к спаду революции тотчас проявилась в Самаре, где новый губернатор, назначенный в декабре 1904 г., отказался от «сосуществования» с социал-демократами, поменял руководство гарнизона и полиции и потребовал от них наведения порядка. В конце декабря дом, в котором происходило очередное заседание местной социал-демократической группы, был окружен полицией, большинство его участников были арестованы. Николаевскому, однако, удалось бежать, использовав черный ход, возле которого неопытные стражи не выставили охрану.
Около месяца Борис пребывал в подполье, попытавшись в это время вести агитацию среди солдат местного гарнизона. В конце января 1906 г. он был задержан полицией, вскоре освобожден, однако 23 апреля того же года вновь арестован, на этот раз с поличным – за распространение революционных листовок среди солдат – и провел в тюрьме более года. Обнаруженных у него нелегальных материалов и свидетельских показаний было достаточно для немалого срока ссылки или даже тюремного заключения, но, на счастье Бориса, ему еще не исполнилось 21 год; формально он считался несовершеннолетним. В июле 1907 г. он был освобожден без суда (со строгим предупреждением более не участвовать в подрывной деятельности) и поставлен под негласное полицейское наблюдение.
Три месяца, проведенные на этот раз в заключении, оказались особенно важны для дальнейшей политической судьбы 20-летнего Николаевского. В той же тюрьме находились два известных социал-демократа. Одним из них был Лев Григорьевич Дейч, в прошлом народник, а затем один из основателей марксистской группы «Освобождение труда», с 1903 г. видный меньшевик, прославившийся своими побегами с каторги и из ссылки. Другим – Александр Львович Гельфанд, известный больше по псевдониму Парвус, который участвовал ранее в германском рабочем движении, а затем приехал в Россию «делать революцию». Гельфанд (Парвус) к меньшевикам не примыкал, занимая особую позицию. Вместе с Троцким он начал разработку концепции перманентной революции, которую позже Троцкий развивал самостоятельно. Но и к большевикам Парвус относился весьма и весьма критически. Общение с этими незаурядными