Полк сражался на Юго-Западном фронте. Сам Иван Андреевич впоследствии вспоминал: Потребовалось много сил, чтобы уже в ходе боёв сделать из курсантов настоящих лётчиков. В первые месяцы, отступления и неудач, очень важно воспитать у молодых лётчиков уверенность в своих силах, в нашей победе. А это надо делать не только словами. Курсанты обычно следовали примеру тех командиров, которые сами показывали, как надо бить врага. С 20 июля 1941 года – военком 12-го истребительного авиационного полка 64-й истребительной авиационной дивизии на Южном фронте. Буквально через несколько дней старший политрук Тараненко был ранен в воздушном бою, только в сентябре выписался из госпиталя и 4 октября 1941 года назначен военкомом 298-го истребительного авиационного полка 45-й смешанной авиационной дивизии. А уже 18 октября 1941 года назначен исполняющим обязанности командира полка (утверждён в должности в декабре). К 14 ноября 1941 года Тараненко выполнил 85 боевых вылетов и сбил лично один бомбардировщик Ju-88. Тогда же он вторично был награждён орденом Красного Знамени. Полк под его командованием участвовал в Донбасско-Ростовской оборонительной, Ростовской наступательной операциях. С мая 1942 по февраль 1943 года полк был сначала в резерве, потом на переформировании и на переобучении. К 1943 году личный состав полностью освоил новые истребители «Аэрокобра» и в конце февраля 1943 года прибыл на Северо-Кавказский фронт. Полк участвовал в битве за Кавказ, и особенной славой покрыл свои знамёна в воздушных сражения на Кубани. Уже к началу лета 1943 года лётчики 298-го истребительного авиационного полка (219-я бомбардировочная авиационная дивизия, 4-я воздушная армия, Северо-Кавказский фронт) под командованием И. А. Тараненко произвели 5650 боевых вылетов, провели 277 боёв, в которых было уничтожено 189 самолётов врага, подбито 25 и сожжено на аэродромах 10 самолётов противника. Сам подполковник Тараненко к июню 1943 года совершил 205 успешных боевых вылетов. В 18 воздушных боях лично сбил 4 самолёта противника и 4 в группе. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 сентября 1943 года «за умелое руководство боевыми действиями авиационного полка, образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистским захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм» подполковнику Тараненко Ивану Андреевичу было присвоено звание Героя Советского Союза. В конце июля 1943 года подполковник Иван Тараненко был назначен командиром 294-й истребительной авиационной дивизии 4-го истребительного авиационного корпуса 5-й воздушной армии Степного фронта (20 октября 1943 года переименован во 2-й Украинский фронт). Воинское звание полковник ему было присвоено 2 февраля 1944 года. Лётчики дивизии под его командованием отличились в ходе Белгородско-Харьковской операции, в Полтавско-Кременчугской, Кировоградской, Корсунь-Шевченковскй, Уманско-Ботошанской наступательных операциях. За особые отличия в боях при освобождении городов Полтава 23 сентября 1943 года и Александрия (Кировоградская область) 6 декабря 1943 года приказами Верховного Главнокомандующего И. В. Сталина 294-я истребительная
