Противоречивы и непоследовательны были положения проекта о территориальных пределах местного самоуправления. Если придерживаться закрепленных в Конституции РФ принципов территориального устройства местного самоуправления, то любой город следует считать самоуправляющейся территорией (ст. 131). Городские органы самоуправления не являются органами государственной власти, поскольку по правилу, установленному ст. 12 Конституции РФ, органы местного самоуправления не входят в систему органов государственной власти. Вместе с тем согласно ст. 65 Конституции РФ города Москва и Санкт-Петербург в качестве городов федерального значения являются субъектами Федерации, а органы управления ими суть органы государственной власти (ст. 77 Конституции РФ). Проект закона, оставляя на общегородском уровне в Москве и Санкт-Петербурге органы государственной власти, переносил функции самоуправления на субгородской уровень, предусматривая создание «местных сообществ» внутри этих городов.
В явно гипертрофированном виде «поселенческий» принцип организации местного самоуправления устанавливается в проекте для сельской местности. Особенно не повезло сельскому району, который, согласно проекту, упразднялся. Это тоже не соответствует ст. 131 Конституции РФ, согласно которой местное самоуправление осуществляется не только в городских и сельских поселениях, но и «на других территориях».
Одна из особенностей президентского проекта состояла в том, что в случае финансовой несостоятельности муниципальной власти предусматривалось введение на соответствующей территории государственного управления. Эта идея потом нашла свое решение в позднейшем статутном акте.
Неудачна была попытка регламентировать передачу полномочий органов местного самоуправления вверх – органам государственной власти – «в случае невозможности решения» отдельных вопросов органами самоуправления. Эта слишком неопределенная для закона норма двусмысленна по своему содержанию. Указывалось на отсутствие материальных и финансовых ресурсов как на причину передачи полномочий, в силу которой органы государственной власти обязаны принять передаваемые им полномочия. Однако здесь же устанавливалось правило, согласно которому предложения органа местного самоуправления «рассматриваются» органами государственной власти для ответа. Каким должен быть ответ – зависит от органа госвласти. Оставалось непонятным – в обязательном ли порядке принимаются предложения органов местного самоуправления или им можно отказать. В целом проблема передачи решена была так, что полномочия органа местного самоуправления могли быть полностью поглощены органами