При определении организационных основ местного самоуправления предлагались некоторые новые подходы. Учитывая, что район представляет собой не единое местное сообщество, а совокупность таких сообществ, допускалась возможность формирования районного Совета не только путем прямых выборов непосредственно населением, но также путем избрания его состава сельскими, поселковыми, городскими городов районного значения Советами. Предлагалось несколько вариантов замещения должности главы местной администрации (избрание гражданами, избрание соответствующим Советом, назначение Советом по контракту по результатам конкурса). При этом в проекте давался не исчерпывающий, а лишь рекомендательный перечень вопросов, составляющих организационную основу местного самоуправления, который не должен был ограничить субъектов Федерации в поиске и использовании других организационных форм работы органов местного самоуправления и путей их образования.
При определении предметов ведения органов местного самоуправления приводились примерные перечни вопросов местного, а также государственного значения, которые решаются либо непосредственно органами местного самоуправления, либо с их участием, формы и условия такого участия в решении вопросов государственного значения (делегирование отдельных государственных функций, привлечение к реализации федеральных, региональных программ).
Кроме того, устанавливались правовые предпосылки для объединения усилий указанных органов на договорной основе по вопросам, представляющим взаимный интерес, а также для объединения в ассоциации с целью взаимопомощи и обеспечения межтерриториальных интересов.
Регламентируя правовую защиту местного самоуправления, проект устанавливал обязательность исполнения решений органов местного самоуправления, принятых в пределах их компетенции, закрепляя принцип ответственности, в том числе имущественной, за причиненный местному сообществу ущерб, предусматривал судебную защиту прав органов местного самоуправления, обязательность рассмотрения государственными органами официальных предложений местных сообществ, установление органами государственной власти субъектов Российской Федерации дополнительных социальных гарантий руководителям и другим должностным лицам органов местного самоуправления.
В проекте предполагалось закрепить положения об осуществлении надзора за исполнением законодательства органами местного самоуправления и их подразделениями. По традиции устанавливалось право вышестоящих Советов, исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации в случае принятия Советом решения или местной администрацией акта, нарушающих законодательство,