Борис Годунов был на царстве всего семь лет, и этот период оказался для страны очень тяжелым. В 1601–1603 годах на Россию обрушилось необычайное похолодание, в результате чего сельское хозяйство пришло в упадок и разразился страшный голод. По свидетельству современников, только в Москве погибло 120 тысяч человек, которых хоронили в братских могилах. Годунов даже велел открыть государевы хлебные амбары, но это не смогло накормить народ, в стране начался хаос.
После внезапной кончины Бориса Годунова (1605) в России начался распад единой государственной власти, страна стала стремительно разваливаться на отдельные княжества, из-за рубежа хлынули польские и шведские интервенты. Россия была ввергнута в пучину гражданской войны, или «смуты». В 1605–1612 годах на московском престоле сменилось множество правителей, в стране объявились десятки самозванцев под именем сына Ивана Грозного, царевича Дмитрия, который якобы не умер в Угличе, а счастливо спасся.
В 1611 году была предпринята попытка собрать ополчение из широких слоев населения, но она успеха не имела. В 1612 году было собрано второе ополчение, во главе которого стояли князь Дмитрий Пожарский и нижегородский купец Козьма Минин 1. После освобождения Москвы от польских интервентов встал вопрос об избрании нового царя. В начале 1613 года в Московском Кремле был созван представительный Земский собор. В результате острой борьбы из множества кандидатов (в том числе и иностранцев) царем был избран представитель родовитой боярской фамилии Романовых – Михаил, которому в ту пору шел семнадцатый год. В России появилась новая династия.
Правление первых царей династии Романовых ознаменовалось существенными изменениями в жизни России. В середине XVII века заметно усилились тенденции перехода от сословно-представительной монархии к самодержавию. В Боярской думе увеличилось представительство дворян – опоры монархии. Из ведения Думы был изъят ряд важных государственных дел в исключительную компетенцию государя. Начиная с 1653 года почти прекратил свою деятельность Земский собор, одна из форм участия различных сословий в общественной жизни России. При царе Алексее Михайловиче был сделан важный шаг к полному устранению церкви от ее вмешательства вдела управления государством, что проявилось во время церковной реформы и в победе над патриархом Никоном.
Постепенно происходили изменения в Приказной системе, увеличивалось количество приказов, а их функции все больше переплетались, порой их трудно было разграничить, что создавало неразбериху в управлении. Правительство время от времени проводило их слияние, реорганизацию, но это не устраняло всех сложностей.
По подсчетам историка В.О. Ключевского, в этот период было до 15 приказов, одновременно