Помимо антисоветизма и непримиримой вражды к правительству у этих организаций и их лидеров не было общей платформы. Они по-разному видели будущее Афганистана: одни ратовали за создание исламской республики, во главе которой мнили себя, вторые склонялись к созданию различных форм исламского теократического государства на территории Афганистана. Несмотря на все попытки реакционных исламских режимов создать единую политическую и военную структуру мятежного движения, им это не удавалось. Многочисленные «коалиции» и «союзы» носили временный характер и были главным образом результатом попыток спецслужб как-то объединить контрреволюционное движение.
Связь партии с народными массами осуществлялась посредством исламских комитетов. В их состав входили главари, в большинстве случаев прошедшие специальную подготовку в Пакистане и Иране, а также местные влиятельные религиозные деятели, бывшие феодалы и крупные землевладельцы. Исламские комитеты дислоцировались, как правило, в крепостях, которые тщательно охранялись. Количественный состав комитетов был различен. Он определялся масштабом их деятельности, численностью населения и вооруженных формирований в зоне ответственности. В большинстве случаев в состав руководства входило от 5 до 30 человек.
Исламские комитеты нескольких кишлаков или волостей подчинялись центральному комитету, который создавался в уезде. Наиболее крупные из них объединялись в союзы, деятельность которых распространялась на значительную территорию. В состав союза входило 3–7 исламских комитетов. Руководство партий координировало работу комитетов и союзов путем направления в их адрес указаний и распоряжений, а также периодического созыва совещаний руководителей этих органов за рубежом.
Исламские комитеты организационно состояли из пяти отделов: управленческого, партийного, военного, хозяйственного и финансового. Военный отдел планировал и непосредственно руководил боевой деятельностью отрядов и диверсионно-террористических групп.
Исламские комитеты вели активную подрывную работу среди населения и личного состава вооруженных сил Афганистана. Главными в этой работе являлись организация и проведение широкомасштабной антиправительственной и антисоветской пропаганды с целью идеологической обработки населения и личного состава армии, вовлечения их в вооруженную борьбу против правительства Афганистана и войск. Кроме того, эти органы занимались также распределением вооружения, получаемого из-за рубежа, осуществляли набор мужского населения в отряды, координировали их боевую деятельность, устанавливали и собирали налог с местных жителей, занимались вербовкой в контрреволюционные исламские организации.
Объектами особого внимания в деятельности исламских комитетов являлись вооруженные силы Афганистана. Исламские комитеты проводили активную идеологическую