В этот период одной из главных задач борьбы с вооруженной оппозицией являлось лишение ее источников – пополнения путем возвращения на родину афганских беженцев. Но разрешение этой проблемы напрямую зависело от верности избранного общеполитического курса правительства. На практике же в результате грубых ошибок численность беженцев не только не уменьшилась, но и возросла и составила во втором периоде около 5 млн человек. Все предпринимаемые попытки перекрыть военными средствами пути поступления на территорию Афганистана свежих моджахедов успеха не давали.
Осознание того, что главными средствами борьбы с вооруженной оппозицией должны быть не военные действия регулярных войск, а продуманные социально-экономические, политические и организационно-пропагандистские мероприятия власти, привело к известной модификации тактики действий советских войск в Афганистане – их отказу от проведения многочисленных «полевых» операций против отдельных отрядов и групп душманов и сосредоточению основных усилий на удержании стратегически важных районов и обеспечения, работы коммуникаций, от чего непосредственно зависели вопросы снабжения местного населения необходимыми продуктами и товарами.
Однако на практике эта политика не всегда давала желаемые результаты, главным образом из-за слабости государственной власти на местах. Результатом многих операций советских и афганских войск было создание в уездах и волостях органов государственной власти, называвшихся оргядрами. В их состав входили представители НДПА, министерств государственной безопасности, внутренних дел, некоторых других ведомств, а также лица из числа руководящих работников общественных организаций, представители духовенства, поддерживающие правительство Афганистана. Для обеспечения безопасности работы оргядра в его составе имелось армейское подразделение (как правило, до взвода). Беда такого оргядра состояла в том, что оно было малочисленным и не обладало реальной властью. Его руководители не умели вести политическую работу с местным населением, не пользовались авторитетом. Влияние оргядра ограничивалось, как правило, тем кишлаком, в котором оно находилось.
После завершения операции войска оставляли занятый район и возвращались в места постоянной дислокации или переходили в другие районы боевых действий. На их место возвращались уцелевшие мятежники, восстанавливали свои базы и изгоняли или уничтожали оргядра. Так повторялось многократно. Например, в долине реки Панджшер