Он не был сторонником кровавых репрессий, предпочитая устранять своих политических конкурентов постепенно и менее прямолинейно. Поэтому кара настигла Бельского лишь в 1600 г. По ложному доносу он был обвинен в подготовке убийства царя, лишен всех чинов, должностей и имущества. Бельского подвергли позорной казни: вырвали клок бороды – и отправили под арест.
Народная молва, недолюбливавшая Бориса Годунова, превратила ссыльного Бельского в мученика, борца за справедливость.
В 1605 г., после смерти Бориса Годунова, последовало триумфальное возвращение Бельского уже в качестве сподвижника «чудесным образом спасшегося царевича Дмитрия», известного нам как Лжедмитрий I. Бельский становится членом Государственного совета и снова приобретает огромное влияние.
Через месяц его ожидал новый провал. По поручению новоиспеченного царя Бельский попытался устранить князей Шуйских, но этому воспротивилась Боярская дума. Лжедмитрий вынужден был выслать Бельского из Москвы.
В 1606 г., после убийства Лжедмитрия I, новый царь Василий Шуйский назначил Бельского вторым воеводой в Казань, где умудренному опытом политическому «зубру» пришлось служить под началом молодого и незнатного В. П. Морозова. Этим месть Шуйского не ограничилась: Бельскому, стороннику Лжедмитрия, было поручено бороться с многочисленными самозванцами, то и дело появлявшимися в Казани.
Свою участь Бельский принял с неожиданным смирением. Он добросовестно выполнял возложенные на него обязанности.
В 1610 г. Василий Шуйский отрекся от престола, а царем стал Лжедмитрий II. Перед казанскими боярами встал нелегкий выбор: присягать новому «чудесно спасшемуся царевичу» или польскому королевичу Владиславу? Большинство отдавало предпочтение первому варианту. Бельский с выбором не спешил.
В январе 1611 г. в Казань приехал некий А. Евдокимов. Он поведал о бесчинствах, которые творили польские интервенты, и призвал людей на борьбу с захватчиками. Бельский сразу откликнулся на этот призыв. Интриган и эгоистичный политик неожиданно показал себя искренним патриотом. По иронии судьбы эта самоотверженность стала причиной его гибели. Бояре во главе с Морозовым убедили народ присягнуть Лжедмитрию, а Бельского выставили изменником. Разъяренная толпа затащила его на высокую кремлевскую башню и сбросила оттуда вниз.
Н. М. Карамзин так писал о Богдане Бельском: «Служил шести царям, не служа ни Отечеству, ни добродетели: ... лукавил, изменял… и погиб в лучший час своей государственной жизни как страдалец за достоинство народа российского!»
Через три дня Лжедмитрий II был убит. Поняв опасность своего положения, казанские бояре поспешили реабилитировать Бельского и похоронить с почестями.
Для членов ополчения, собранного Кузьмой Мининым и Д. М. Пожарским, Богдан Бельский стал своего рода героем, борцом за свободу Отечества. Его останки были перенесены в Ярославль и захоронены на территории Спасо-Преображенского