Славутский погранотряд и проходил в нем службу пом. начальника и начальником заставы. С сентября 1931 по апрель 1932 г. находился на курсах переподготовки в Высшей пограничной школе ОГПУ в Москве, затем служил в 3-й Московской пограничной школе войск НКВД курсовым командиром и командиром-руководителем пехотного дивизиона, начальником штаба 3-го дивизиона. В ходе ее реорганизации в Высшую пограничную школу НКВД в июне 1935 г. утвержден преподавателем военных дисциплин, а 6 октября 1937 г. назначен пом. начальника учебного отдела. В марте 1938 г. переведен в Ново-Петергофское военно-политическое училище НКВД им. К. Е. Ворошилова пом. начальника по строевой части. В апреле одновременно окончил факультет заочного и вечернего обучения Военной академии РККА им. М. В. Фрунзе, а с мая 1939 г. исполнял должность зам. начальника училища по боевой подготовке. Во время Советско-финляндской войны с ноября 1939 г. в должности начальника группы особого отряда пограничных войск НКВД участвовал в боях с белофиннами. С февраля 1940 г. исполнял должность начальника 5-го пограничного отряда Ленинградского округа. С апреля 1940 г. – начальник Ленинградского военного пехотного училища НКВД. В июне 1940 г. переведен в ЗакВО командиром формировавшейся в г. Баку 16-й горнострелковой дивизии. В том же году был награжден нагрудным знаком «Почетный работник ВЧК – ОГПУ – НКВД». С началом Великой Отечественной войны генерал-майор М. Н. Клешнин в июле 1941 г. был назначен командиром 262-й стрелковой дивизии, формировавшейся в МВО в г. Владимир. Не завершив формирования, в ночь с 19 на 20 июля она была направлена в район Можайска в 33-ю армию Фронта резервных армий, затем через неделю переброшена на Северо-Западный фронт и в составе 34-й армии участвовала во фронтовом контрударе в районе г. Старая Русса. В сентябре «за растерянность во время боя и неумение управлять подчиненными частями » он был снят с должности и назначен командиром 232-го стрелкового полка 182-й стрелковой дивизии. 15 января 1942 г. вступил в командование 188-й стрелковой дивизией, которая в составе 34-й, затем 11-й армий участвовала в Демянской наступательной операции. За умелое командование частями генерал-майор М. Н. Клешнин был награжден орденом Красного Знамени (3.5.1942 г.). С августа 1942 г. исполнял должность зам. командующего 11-й армией. 25 января 1943 г. назначен командиром 53-й гвардейской стрелковой дивизии 1-й ударной армии. С 12 по 22 февраля дивизия входила в 53-ю армию Северо-Западного фронта и участвовала в Демянской наступательной операции. С 24 февраля в составе 1-й ударной армии вела оборонительные бои на правом берегу р. Ловать. С 18 мая генерал-майор М. Н. Клешнин вступил в командование 35-м стрелковым корпусом, формировавшемся в 22-й армии Северо-Западного фронта. 26 мая 1943 г. корпус был переименован в 44-й стрелковый. Его соединения и части участвовали в Ленинградско-Новгородской, Белорусской, Прибалтийской, Восточно-Прусской и Пражской наступательных операциях. За умелое командование корпусом генерал-майор М. Н. Клешнин был награжден орденом Ленина и 2 орденами Кутузова 2-й ст. После войны с 20 июля 1945 г. М. Н. Клешнин исполнял должность зам. начальника штаба советской части
