В 1884 году отец Антоний стал инспектором Казанской Духовной Академии, что было, безусловно, полезно, ибо он своим личным авторитетом человека аскетической жизни, своим монашеским саном подвигал студентов, к которым относился всегда весьма мягко, весьма терпимо, на действительно серьезную духовную жизнь. При этом он продолжал свою научную работу, но она, конечно, занимала меньше места в его жизни.
В 1885 году в Казань приехал Константин Петрович Победоносцев. Он познакомился с архимандритом Антонием. Архимандрит Антоний произвел на него очень хорошее впечатление. Победоносцев оценил не только благочестивого монаха, но и хорошего церковного администратора, просвещенного ученого. Уезжая из Казани, всесильный тогда Победоносцев сказал ему, что он должен ожидать в ближайшее время перемен в своей жизни.
В 1885 году стали поступать сведения о том, что отцу Антонию готовится назначение в Петербург. Действительно, вскоре он был назначен инспектором в СПбДА. Это был только первый шаг к его, оказавшейся впоследствии блестящей, петербургской карьере. Пробыв два года инспектором, он 3 мая 1887 года был поставлен в епископы Выборгские и назначен ректором СПбДА, которая переживала период удивительного расцвета. Достаточно сказать, что это было время, когда в Академии сформировались такие выдающиеся наши иерархи, как Михаил (Грибановский), Антоний (Храповицкий), Сергий (Страгородский), Тихон (Беллавин).
Михаил (Грибановский) принадлежал к той плеяде русских богословов, которые поставили остро вопрос о необходимости освобождения русского богословия из пут западной схоластики. Он рано скончался, но продолжателями его идей были и Антоний (Храповицкий), и Сергий (Страгородский), и Иларион (Троицкий) – все те, кто в богословии очень много сделал именно для того, чтобы развенчать стереотипы схоластического сознания, прочно укоренившиеся в наших духовных школах. Например, юридическая теория сатисфакции, с которой боролись и Антоний (Храповицкий), и Сергий (Страгородский). Все они очень хорошо вспоминали об Антонии.
В Академии создавалась удивительная атмосфера. С одной стороны, поднялся ее научный уровень, с другой – епископ Антоний стремился к тому, чтобы студенты активно, уже со студенческой скамьи, приобщались к конкретному церковному служению. Он всячески поощрял участие студентов в приходской жизни, их просветительскую деятельность на приходах. В это время активизируется «Общество распространения религиозно-нравственного просвещения в духе Православной Церкви». В содружестве с ним студенты Духовной Академии начинают активно заниматься просветительской деятельностью на приходах