Второй отдел рассматривал всю совокупность вопросов, связанных с епархиальным управлением, созданием у нас митрополичьих округов, реформой епархиального управления, с расширением прав епархиального архиерея и т. д. Одновременно этот отдел рассматривал очень сложный и оказавшийся потом весьма больным вопрос о статусе Грузинской Церкви в составе Русской Православной Церкви. Возглавлял этот отдел архиепископ Литовский Никандр.
Третий отдел занимался вопросами церковного суда. Он тоже нуждался в преобразовании. Учитывая, что каноническое право было одной из самых сложных отраслей церковной жизни, целый отдел был выделен для обсуждения вопросов, связанных с церковно-каноническими сторонами жизни. Возглавлял третий отдел архиепископ Ярославский Иаков.
Четвертый отдел рассматривал вопросы приходской жизни: новый приходской устав, вопросы о распоряжении приходским имуществом и др. Возглавлял отдел архиепископ Могилевский Стефан.
Пятый отдел рассматривал вопрос о духовном образовании. Руководил им епископ Псковский Арсений (Стадницкий). Это был известный уже к тому времени деятель в сфере духовного просвещения. Отметим, что знаменитые раскопки в Новгороде начал еще епископ Арсений (Стадницкий); он был специалистом в области археологии.
Шестой отдел рассматривал вопросы вероучения и, как вопрос принципиальный и значимый для руководителя этого отдела, вопрос о диалоге со старообрядцами. Возглавлял отдел епископ Волынский Антоний (Храповицкий). О нем мы будем с вами говорить в дальнейшем более подробно. Епископ Антоний был одним из рьяных сторонников диалога со старообрядцами и воссоединения их с Православной Церковью. Это был, действительно, очень важный вопрос. Важно, что именно епископ Антоний, который был сторонником возвращения старообрядцев в Православную Церковь, с сохранением, конечно, их богослужения, их обряда и т. д., одновременно был инициатором рассмотрения вопроса о канонизации Патриарха Никона, и материалы к его канонизации готовились к Собору 1917 года.
И наконец, последний, седьмой отдел, должен был разработать меры по ограждению православной веры в условиях веротерпимости. Это был, может быть, самый практический отдел, который должен был предложить конкретные пути такого изменения законодательства, которое позволило бы Православной Церкви не утерять своих внешних позиций и, самое главное, указать Церкви новые пути для осуществления