Будучи выдвинут варварской военной элитой, Лев искал способы освобождения от нее. В качестве противовеса он начинает призыв в армию исаврийцев – представителей одного из малоазийских племен. Они были менее связаны с опасными для империи германскими племенами, и с правления Льва начинается достаточно долгий этап значительной роли исаврийцев в византийской армии. Более того, начальника экскувитов (императорской гвардии) Тарасокодиссу он назначил своим преемником, дав ему имя Зинон. Это вызвало интриги со стороны Аспара, в результате которых в 471 г. Лев безжалостно расправился со своими бывшими друзьями из германской военной элиты.
В правление Льва византийцы пытались вести совместную с Западной Римской империей борьбу против варваров. В 467 г. на западный престол был возведен угодный византийцам Анфимий, и Византийская империя готовила грандиозный поход против вандалов. Экспедиция потерпела неудачу, что, вероятно, приблизило конец Рима. Западная Римская империя прекратила свое существование в 476 г., когда Одоакр взял Вечный Город, а знаки императорской власти отослал в Константинополь императору Зинону (474–491). На западе римская власть прекратила свое существование, а на месте империи одно за другим возникали варварские королевства, сменявшие друг друга. Новые народы победили Рим, но при этом они не дерзали претендовать на преемство от империи. Такова была ее харизма в глазах всех европейских народов того времени. Поэтому Одоакр и не присвоил себе императорские инсигнии, а отослал их в Новый Рим тому, кто, по его представлению, являлся истинным преемником римских императоров. Сам Одоакр удовольствовался титулом патриция. Византия не смогла помешать падению Рима. В VI в. Юстиниан предпринял попытку восстановления власти империи над Римом, Италией и вообще западной частью государства, однако все это не было долговечным. Западная Европа расставалась с римской эпохой и вступала в Средневековье с новой картой и новыми игроками.
Для Византии многие из конфликтов второй половины VI в. были связаны с религиозными вопросами. Так, например, конкурент Зинона Василиск сумел захватить столицу, но был низложен по причине отмены им судьбоносных решений Халкидонского собора (451 г.). Впрочем, сам Зинон также пытался «нейтрализовать» решения этого Вселенского собора, которые не были приняты многими христианами византийских провинций – Египта, Сирии, Армении, – сделавшими выбор в пользу монофизитского богословия. С именем Зинона связана попытка примирить конфликтующие стороны на основании некоего усредненного исповедания. Это было отражено в его «Энотиконе», изданном совместно с патриархом Акакием в 482 г. С этого документа берет начало менофелитская ересь. В 484 г. папа Феликс III осудил еретический документ и отлучил патриарха Акакия от церкви. Начался первый раскол между Римской и Константинопольской кафедрами, который был завершен восстановлением православия в империи в 518 г.
Конец правления Зинона был омрачен