Большой урон лесам наносил их отвод крестьянам, которые обращали их в пашню. Но были редкие случаи бережного отношения крестьян к лесам: в Ярославской губернии на три волости было выделено 17 тыс. дес. леса, большая часть которого была расчищена под пашню, но одна волость берегла свою долю леса и просила министерство запретить его вырубку, на которой настаивали соседние волости. На это ведомство ответило, что только общим сходом трех волостей можно было решить судьбу оставшегося леса163.
Весной 1900 г. А. С. Ермолов выступил с инициативой учредить «Особое совещание для обсуждения проекта узаконений о производстве земельных улучшений в Европейской России». На заседание Совета министров 23 мая 1900 г. по его просьбе приглашались видные ученые, представители министерства финансов и др.164 Данное межведомственное совещание так и не было созвано. Инициатива была перехвачена министром финансов С. Ю. Витте, который в 1902 г. созвал Особое совещание о нуждах сельскохозяйственной промышленности.
Помимо сбора и анализа данных о развитии сельскохозяйственной отрасли производства, МЗиГИ проводило местные исследования посредством командирования в отдельные губернии специалистов сельского хозяйства. Так, на следующий год после неурожая 1891 г. было проведено исследование черноземных губерний с целью выявления их состояния и причин недорода. В 1893 г. были обследованы Орловская, Вятская, Пермская губернии. В 1893–1894 гг. изучались почвы Заволжья. Лесной департамент параллельно занимался составлением карт и описанием защитных лесов165.
Одним из направлений в деятельности ведомства было распространение знаний в области сельского хозяйства, лесного дела и, вообще, агрономическое просвещение. На попечении министерства находился ряд учебных заведений: образованная в 1865 г. Петровская земледельческая и лесная академия, 10 средних сельскохозяйственных учебных заведений и 70 низших сельскохозяйственных школ, низшие лесные училища166. Их количество постоянно увеличивалось. В 1890 г. Петровская земледельческая и лесная академия была преобразована в Московский сельскохозяйственный институт167. Помимо государственных, на средства земств, сельскохозяйственных обществ и пр. открывались частные сельскохозяйственные училища и школы. Из 70 сельскохозяйственных школ 58 содержались на частные средства