Одной из первых забот святителя Нифонта стала забота о прекращении междоусобных браней и водворении мира между русскими князьями. В 1135 годуему удалось прекратить казавшееся неминуемым столкновение между Киевом, Черниговом и Новгородом. Его святительские слова, обращенные к соперничавшим князьям, неоднократно способствовали утверждению мира и в дальнейшем.
Святитель Нифонт уделял большое внимание церковному строительству, содействовал украшению старых и возведению новых храмов. Вскоре, после его возведения на епископскую кафедру, был заложен в центре Новгорода белокаменный храм в честь Пресвятой Богородицы, а знаменитый новгородский храм Софии Премудрости Божией благоукрашен иконами, и крыша храма покрыта оловом. В 1156 году святителем Нифонтом была основана Спасо-Мирожская обитель в пойме двух рек — Великой и Мирожи, с соборным храмом в честь Преображения Господня, сооруженным несколько ранее. По приглашению суздальского князя Юрия он освящал церковь Богоматери в Суздале.
Будучи строгим блюстителем церковных правил, святитель Нифонт не побоялся гнева новгородского князя Святослава Ольговича и отказался благословить его на противозаконный брак. Когда же князь был все-таки венчан неподвластными Новгородскому епископу иереями, святитель Нифонт публично осудил Святослава в законопреступлении. Твердость и верность церковным канонам святитель проявил и в 1147 году, когда по кончине митрополита Киевского Михаила на кафедру митрополита был возведен Климент, избранный без необходимого в то время благословения Константинопольского Патриарха, по своевольному решению великого князя Киевского Изяслава Мстиславича. На созванном великим князем архиерейском Соборе, в котором участвовали преосвященные иерархи Онуфрий Черниговский, Феодор Белгородский, Евфимий Переяславский, Дамиан Юрьевский, Феодор Владимирский, Мануил Смоленский, Иоаким Туровский и Косма Полоцкий, святитель Нифонт решительно выступил против незаконного волеизъявления Изяслава Мстиславича и предупредил епископов о неотвратимости Божией кары за отступление от церковных правил. Несмотря на то, что бесстрашному иерарху удалось склонить на свою сторону пятерых из участвовавших в Соборе епископов, Киевскую кафедру занял митрополит Климент. Ожесточившись на святителя Нифонта за отказ служить вместе с ним Божественную литургию, митрополит Киевский пожаловался на него великому князю Изяславу, который распорядился не отпускать святителя в Новгородскую епархию и заточить его в Киево-Печерский монастырь. Это решение святитель Нифонт принял со смирением, благодаря Господа за возможность вернуться «к безмолвному своему житию со святыми». После того как великий князь Изяслав Мстиславич был низвержен с Киевского престола князем Георгием Мономаховичем, святитель Нифонт вновь получил в управление Новгородскую епархию. Действия епископа в защиту патриарших