В 1553 году в паломничестве (в благодарность за чудесное избавление от смерти) на пути в Кирилло-Белозерский монастырь Пешношскую обитель посетил царь Иоанн Грозный с семейством. Он обратил внимание на опытного наставника иноческой жизни, побывавшего в плену и сведущего в татарском языке и нравах. Потому, когда в 1555 году в Казани открывали новую епархию, вместе со святителем Гурием, первым архиепископом Казанским, был направлен в Казань и святой Варсонофий из Пешношской обители в сане архимандрита для основания там монастыря. 26 мая 1555 года первосвятители Казани торжественно отправились в путь. Из Москвы по рекам Москве, Оке и Волге путь до Казани длился два месяца.
В воскресенье 27 июля 1555 года святитель Гурий с игуменом Пешношским Варсонофием и игуменом Успенского Старицкого монастыря Германом прибыли в Казань. С крестами и хоругвями были встречены они в Казанском Благовещенском соборе местным духовенством и населением. Вместе со святым Варсонофием в Казань прибыли иноки, постриженики Пешноши: Тихон, Феодорит, Иов, Андроник, Сильвестр, а также инок Андроникова монастыря Симеон. Уже в следующем 1556 году преподобный Варсонофий исполнил возложенное на него поручение и устроил Преображенский монастырь в Казанском Кремле. Им был освящен первый каменный теплый храм в монастыре во имя святителя Николая Ратного, а впоследствии — и главный храм в честь Преображения Господня. В уставе монастыря, написанном самим архимандритом Варсонофием, он называет себя в приписке «многогрешным чернецом, что был игуменом на Песноши». Тайно от всех он продолжал носить вериги для изнурения плоти. Монастырь в скором времени сделался средоточием духовной жизни бывшей татарской столицы. Через несколько лет число иноков в нем доходило до ста человек. По воле святителя Гурия, к которому сохранял он полное послушание и сыновнюю любовь, ревностно занимался он обращением магометан к вере христианской. Знание татарского языка позволяло ему входить в близкое сношение с татарами, а основательное знание учения Магометова, при его глубоком уме, делало обличения его магометанству неотразимыми. Уменье лечить болезни привлекало к нему больных всякого рода, тогда как болезнь сама располагает душу для всего лучшего и, следовательно, для принятия учения христианского. 2 декабря 1563 года святой Варсонофий постриг в великую схиму, а 4 декабря предал погребению своего ближайшего друга и наставника святителя Гурия, архиепископа Казанского (память 4/17 декабря). По смерти епископа Тверского Акакия († 1567) святитель Филипп, митрополит Московский, вызвал святого Варсонофия в Москву и возвел его в сан епископа Тверского.
Истинным светильником был святитель Варсонофий для своей паствы, не словами одними, но всем существом своим указуя спасительный путь Христов. Несмотря на высокий святительский сан, он продолжал быть смиренным