В апреле 2004 года Саакашвили поручил Жвании установить контроль над Аджарией – небольшой гористой территорией на границе с Турцией. Аджария населена грузинами, принявшими когда-то ислам. После распада Советского Союза страной управлял наследник древнего княжеского рода Аслан Абашидзе. В Батуме начались митинги, а Жвания вброд пересек пограничную речку Чолоки. В результате в регион вновь приехал Игорь Иванов, который вывез Абашидзе с собой.
Через три месяца Саакашвили направил первый воинский контингент в Ирак. 3 февраля 2005 года погиб премьер-министр Жвания, который, по официальной версии, отравился угарным газом.
Вслед за Аджарией Саакашвили подавил выступление сванов в Кодорском ущелье. Ущелье длительное время не контролировалось ни Тбилиси, ни Москвой, ни Сухумом. Здесь заправляла банда Квициани численностью в 350 штыков. Именно через Кодорское ущелье пытался пройти в Абхазию чеченский полевой командир Руслан Гелаев в 2001 году, но операция была отражена абхазской армией. В 2005 году под предлогом разоружения Квициани в Кодорское ущелье вошли грузинские вооруженные силы. Квициани скрылся, его родственники были арестованы, а имущество подвергнуто конфискации. Через какое-то время в Кодорское ущелье въехало «правительство Абхазской автономной республики», в котором не было ни одного абхаза.
Тем временем в Южной Осетии также было неспокойно. В январе 2004 года Саакашвили посетил грузинское село в этом районе и заявил, что 2004 год – последний, когда Южная Осетия и Абхазия не принимают участия в грузинских выборах.
Россия начала снимать ранее введенную ею блокаду в отношении Южной Осетии и Абхазии. Жителям двух республик стали выдавать российские паспорта. Никакого особого нарушения международного законодательства в этом не было, поскольку с точки зрения права Грузия вышла из СССР без Южной Осетии и Абхазии – автономные республики, напомним, в соответствии с союзным законодательством обладали правом самостоятельно решать свою судьбу, поэтому результаты грузинского референдума 1991 года к ним отнесены быть не могли. А международное сообщество категорически отказывалось выдавать абхазам и южным осетинам паспорта Нансена – особый документ, представляемый ООН для беженцев без гражданства. В результате жители двух республик вообще не могли никуда выехать. Абхазских мужчин призывного возраста, например, несколько лет подряд не пускали даже через Псоу, опасаясь, что они поедут в Чечню поддерживать Басаева. Поэтому других вариантов прорвать изоляцию, кроме обращения за российским паспортом, у абхазов и южных осетин не было. В результате к 2008 году в Абхазии число лиц с двойным гражданством достигло 80 %, а в Южной Осетии – почти 100 %.
9 февраля 2004 года в 7 км от Цхинвала грузинскими полицейскими был убит высокопоставленный чиновник Минобороны Южной Осетии Виктор Мамитов. В конце мая 2004 года на территорию грузинских анклавов был введен грузинский