Хотя ранний период Чосон был временем прогресса, к концу XV века началась борьба придворных фракций, что ослабило центральную власть. Позднее, в 1592 году, Япония вторглась в Корею и началась Имчжинская война. Сёгун Тоётоми Хидэёси планировал использовать полуостров как плацдарм для завоевания китайской империи Мин. Корейцам с помощью Китая удалось изгнать японцев с полуострова в 1598 году. Немалую роль в победе сыграли обшитые металлом «корабли-черепахи» адмирала Ли Сун Сина, чья победа над японским флотом сделала его одним из величайших корейских национальных героев. Однако Корея заплатила огромную цену за свою независимость – сотни тысяч людей погибли за годы войны, а треть сельскохозяйственных земель страны была заброшена, что привело к нищете и голоду.
В XVII век Корея вступила крайне ослабевшей и до 1895 года оставалась вассалом маньчжурской династии Цин. В этот период общество также стало менее иерархичным. Многие янбаны потеряли свое имущество в результате японских вторжений, в то время как класс квалифицированных специалистов чунъин начал приобретать вес в обществе. Многие из них смогли сделать себе состояние благодаря торговле – занятию, к которому янбаны традиционно относились с пренебрежением. Стремясь повысить свой социальный статус, представители сословия чунъин начали покупать себе янбанское звание, пополняя ряды официальной аристократии и тем самым подрывая основы классовой системы Чосон. В результате этой практики бывшие фамильные кланы янбанов, как, например, клан Ким из Кимхэ, теперь насчитывают миллионы людей. Это также объясняет, почему в Корее настолько распространены фамилии Ким, Ли, Пак и Чхве – каждый второй кореец носит одну из этих фамилий.
Поздний период был отмечен крупными восстаниями, внутренними противоречиями и усилением влияния извне. В конце XVIII века в Корее появились первые обращенные в христианство. Корейцы, столкнувшиеся с этой религией в Китае, активно распространяли ее у себя на родине, несмотря на противодействие государства. К концу века ряд крупных крестьянских восстаний, как, например, восстание под предводительством Хон Гён Нэ в 1811 году, а также распространение движения Тонхак стали серьезной проблемой для властей. Влиятельные семьи, как, например, андонские Кимы, сделали членов правящего рода Ли простыми марионетками и истощали ресурсы страны посредством коррупции и неприкрытого воровства.
Все эти