Лейбниц обращался к нему с предложением перевести на «языки инородцев» для распространения христианства «Отче наш», символ веры и заповеди блаженства.
Политическая судьба Яворского складывалась скорее неудачно. Он постепенно разочаровывался в Петре, видя в нем человека не только не радеющего о вере, но даже, пожалуй, друга протестантов. Еще более обострились его отношения с царем, когда ему пришлось противостоять Феофану Прокоповичу и Феодосию Яновскому, которых Петр стал явно предпочитать сохранявшему внешне первенство Стефану Яворскому. Неоднократно Яворский обращался к царю с просьбой освободить его от местоблюстительства, но неизменно получал отказ.
Трогательна кончина Яворского. В завещании он оставлял все свои «сокровища» – книги – Нежинскому Богородичному монастырю, который основал на своей родине. При этом каталог, составленный самим Яворским, был сопровожден словами: «Идите, милые книги, прежде так часто находившиеся в моих руках! Идите, слава моя, мой свет, мое сокровище… Вы, книги и сочинения мои, простите! Приобретенная трудами моими библиотека, прости! Простите, братья мои и сожители! Простите все. Прости и ты, гостиница моя, любезная мать-земля!..»
Из сочинений Яворского наиболее известен «Камень веры» – полное систематическое изложение православного вероучения в тех пунктах, где оно расходится с протестантским. Здесь имеются обширные трактаты об иконах, мощах святых, евхаристии, священном предании, благих делах и других богословских вопросах.
«Риторическая рука» Стефана Яворского написана в 1705 г. и переведена на русский язык Феодором Поликарповым. Сочинению предшествует посвящение боярину Иоанну Алексиевичу Мусину-Пушкину, где автор сравнивает военное величие России («завоеваны грады, покорены царства») и бедность «мус, жилищ ученых» – здесь‑то «московский орел врожденную себе ясно показа остроту,… к солнцу премудрости немизающия водрузи зеницы». И в наступившей после «толиких мразах» «преблаженной весне» Яворский представляет себя «вертоградарем», который вручает своему господину «во единой руце риторической – снопик».
Затем следует краткое предисловие, посвященное памяти, из-за «немощи памятной» и предлагается запоминать 5 частей риторики, словно заключенные в «крепчайшей» риторической руке. Определение риторики записано на запястье, названия частей науки – на пальцах.
Пять частей «Риторической руки» последовательно представлены в главах: изобретение (описаны общие места – внутренние и внешние), расположение (кратко – о малых и больших словах, и виды хрии), витийство