Заслуживает внимания политика Зенона в области религии. Сам он придерживался ортодоксальной веры, однако фанатиком не был. В то время церковь была расколота монофизитской ересью, к которой присоединились церкви Египта и Палестины. Зенон думал, что будет возможно и целесообразно заманить еретиков обратно в паству, слегка модифицировав католическую доктрину. Хотя в 482 году он был занят борьбой с Теодорихом Амалом, нашел время для написания Энотикона – вероисповедального послания клиру и верующим. Монофизиты признавали наличие только одной Божественной природы в Иисусе Христе и отвергали его человеческую природу. В Энотиконе Зенон четко заявил, что Христос – Бог и человек, но не употребил слова «две сущности», которые составляли ортодоксальный шиболет. Но его добрые намерения не произвели желаемого впечатления. Еретики не были удовлетворены и отказались соответствовать, а католики утверждали, что это слабая уступка гетеродоксии, и обвинили Зенона в заигрывании с еретиками. Патриарх Акакий, помогавший в написании Энотикона, был отлучен от церкви римским папой. Церкви Италии и Константинополя оставались вне религиозного сообщества более тридцати лет благодаря эдикту, созданному, чтобы объединять, а не разобщать.
Последние годы правления императора Зенона были спокойнее, чем первые. Он умер в 491 году от эпилептического припадка, не оставив наследника трона. У него было два сына – Лев и Зенон. Первый умер в младенчестве – в 474 году, а второго убило распутство и дурные привычки задолго до смерти отца.
Право выбрать преемника Зенона номинально перешло к сенату и народу, а реально – к вдовствующей императрице Ариадне и императорской гвардии. Дочь Льва сделала мудрый выбор, рекомендовав выборщикам кандидатуру Анастасия из Диррахия – силенциария, которого ценили все окружающие за благочестие и многочисленные добродетели.
Анастасий был человеком пятидесяти двух или пятидесяти трех лет. Он всю жизнь служил чиновником и был известен как способный финансист. Он был глубоко религиозен и в свободное время читал мирские проповеди в соборе Святой Софии до тех пор, пока ему не запретил это делать патриарх Евфимий, усмотревший в его проповедях признаки монофизитства. Он хотел принять сан и был кандидатом на пост епископа Антиохии. Но, несмотря на религиозность, он оставался человеком мирским и сугубо практичным. Анастасий вел безупречную жизнь, много учился и работал, был спокойным, добрым и либеральным хозяином, справедливым во всем. Когда он впервые предстал перед народом, облаченным в императорский пурпур, люди стали выкрикивать: «Правь так, как жил!» Ему можно было предъявить только две претензии – и это за всю его жизнь! Во-первых, он проявлял склонность к монофизитству, а во-вторых, его двор казался слишком консервативным и пуританским для тех, кто привык к помпезности и оргиям распутного Зенона. Он стал непопулярным, запретив гладиаторские бои