Единственным, что он хранил из прежней своей жизни преуспевающего доктора, были копия картины Рафаэля «Мадонна», распятие, коллекция шкатулок и старый телескоп. Когда он возвращался поздно ночью в свою комнату, то, чтобы отвлечься и отдохнуть, мог часами наблюдать за звёздами с Воробьёвых гор.
Высокую сутулую фигуру в сюртуке с орденом на лацкане знала в те годы вся Москва. Одни горожане считали его чудаком, другие (и их было большинство) называли доктора святым и относились к нему с большим почтением.
Особым уважением он пользовался у заключённых и отправленных по этапу. От тюрьмы к тюрьме, от этапа к этапу передавались слухи и легенды о помощи и лечении замечательного доктора.
Однажды зимним вечером Фёдор Петрович спешил к очередному пациенту по одной из московских улиц. Зимой он носил внушительную тёплую шубу Неожиданно перед ним выросли фигуры грабителей, которые потребовали, чтобы он снял и отдал им дорогую шубу Доктор объяснил, что спешит к больному, но, когда освободится, он сможет отдать её, и назвал себя. Услышав имя доктора Гааза, бандиты бросились на колени, прося прощения, и проводили его до места, где жил больной пациент.
Одной из тюрем, которой врач уделял в то время много внимания, был Московский тюремный замок, позже названный Бутырской тюрьмой. Построенный в 70-е годы XVIII века, этот тюремный комплекс требовал ремонта. В нём отсутствовала канализация, зловонье и грязь поражали каждого, кто оказывался внутри и рядом с его стенами. В тюрьме был небольшой православный храм, который вмещал далеко не всех, и заключённые не всегда могли помолиться и исповедаться.
Все эти проблемы доктор Гааз поставил перед тюремным комитетом Москвы. Совместно с митрополитом Филаретом они добились, чтобы рядом с тюремной церковью были построены специальные комнаты, откуда заключённые могли наблюдать и слушать проповеди. По настоянию Фёдора Петровича в Бутырской тюрьме были открыты столярная, сапожная и переплётная мастерские. Во дворах тюремного комплекса были посажены тополя, для очищения воздуха. На всей территории были проведены необходимые дренажные работы, чтобы удалялась вода и грязь, и перед тюрьмой, и в её внутреннем пространстве были выложены мостовые.
Во время одного из своих визитов в Москву в Бутырскую тюрьму заехал император Николай I. Знакомясь с тюремным комплексом, кто-то из «доброжелателей» Гааза сообщил царю, что некоторые заключённые симулируют болезни, а доктор им потворствует. Император начал выговаривать свои замечания. Услышав строгий тон и царское недовольство, доктор Гааз неожиданно упал перед ним на колени. Император, довольный произведённым эффектом от своих слов, покровительственно произнёс: «Ну полно, полно, Фёдор Петрович, я вас прощаю…» На что доктор Гааз, к его изумлению, заявил: «Не за себя прошу,