В мае 1606 года бояре Шуйские и Голицыны при поддержке двухсот вооруженных дворян произвели дворцовый переворот. Вспыхнувшее в столице восстание помешало наемному воинству выручить попавшего в беду самозванца. Лжедмитрий был убит заговорщиками.
Трон перешел к боярскому царю Василию Ивановичу Шуйскому. Однако новый царь не доверял, видимо, молодому родственнику и не давал ему ответственных поручений.
Лишь осенью 1606 года, в разгар решающих сражений под Москвой с повстанческой армией И. И. Болотникова, Скопину-Шуйскому было доверено во главе небольшого отряда воинов защищать Серпуховские ворота. В этих боях со всей очевидностью раскрылся полководческий талант князя Михаила. Он не только отбил все атаки повстанцев, но и неожиданным ударом на село Коломенское заставил болотниковцев бежать. Даже и после этого способного воеводу не допускали до руководства войсками, хотя военная обстановка оставалась опасной и после разгрома восставших. В России появился новый самозванец – Лжедмитрий II. Вокруг «вора», как именовали его в правительственных документах, объединились иностранные наемники, дворяне, казаки и уцелевшие повстанцы из армии Болотникова.
Василий направил против Лжедмитрия II рати во главе со своим бездарным братом Дмитрием. Дмитрий битву проиграл, постыдно бежал и допустил армию самозванца до столицы. «Вор» обосновался в селе Тушине. Более полутора лет страна имела две столицы: в Москве сидел царь Василий, в Тушине – Лжедмитрий II. В период наивысших успехов «воровскую столицу» поддерживала добрая половина страны – от Вологды до Астрахани, от Владимира и Ярославля до Пскова.
В это время царь направил Скопина в Новгород для заключения союза со Швецией. Еще в феврале 1607 года шведы через корельского воеводу предлагали Василию Шуйскому помощь, но тогда царь эти предложения отверг. Теперь же ему пришлось смирить гордость. Прибыв в Новгород, князь Скопин отправил в Швецию своего шурина С. В. Головина, а сам внимательно следил за новгородской жизнью. Положение в Новгороде было очень сложным, горожане волновались и готовы были признать Лжедмитрия II. Псков и некоторые другие города открыто отказались признавать власть царя Василия. Повлиять на ход событий Михаил Скопин не мог, ибо воинов у него было мало. На помощь князю пришел новгородский митрополит Исидор, убедивший новгородцев сохранить верность законному царю. В это время пришла весть о том, что к Новгороду приближается польско-русский отряд полковника Кернозицкого. Воевода М. И. Татищев изъявил готовность выступить против тушинцев, но среди новгородцев у него оказалось слишком много врагов. Скопину поступили доносы о готовящейся измене воеводы. Времени на расследование князь Михаил не имел, он занялся сбором ратных людей. Судьба же Татищева оказалась трагической, его растерзала толпа.
Войско Кернозицкого подошло к Новгороду, и многие служилые люди, кричавшие о своей верности и патриотизме, перешли на сторону тушинцев. На защиту родного города поднялись горожане и крестьяне.