Прибыв 29 августа в Царево-Займище и обходя почетный караул, главнокомандующий сказал громко: «Ну как можно отступать с такими молодцами!»
Неожиданностью для главнокомандующего стало то обстоятельство, что резервов, о которых ему говорили в Военном министерстве и на которые он возлагал большие надежды, в действительности не оказалось. До Москвы оставалось всего 150 км, а численно превосходившие и наседавшие со всех сторон войска Наполеона не давали возможности оторваться. Реально оценивая положение, русский полководец менее всего желал начинать решительное сражение. Однако он вынужден был считаться с настроениями армии, общества и императора.
Получив незначительные подкрепления, Кутузов решился дать Наполеону генеральное сражение, первое и единственное в Отечественной войне 1812 года. Бородинское сражение, одна из крупнейших битв эпохи наполеоновских войн, произошло 7 сентября. За день боя русская армия нанесла тяжёлые потери французским войскам, но и сама по предварительным подсчётам к ночи того же дня потеряла почти половину личного состава регулярных войск. Баланс сил не сместился в пользу Кутузова. Кутузов принял решение отойти с бородинской позиции, а затем, после совещания в Филях (ныне район Москвы), оставил Москву. Тем не менее, русская армия показала себя достойно при Бородино, за что Кутузов 11 сентября произведён в генерал-фельдмаршалы.
После выхода из Москвы Кутузов скрытно совершил прославленный фланговый Тарутинский манёвр, выведя армию к началу октября к селу Тарутино. Оказавшись южнее и западнее Наполеона, Кутузов перекрыл ему пути движения в южные районы страны.
Потерпев неудачу в своих попытках заключить мир с Россией, Наполеон 19 октября начал отход из Москвы. Он пытался провести армию в Смоленск южным путём через Калугу, где имелись запасы продовольствия и фуража, но 24 октября в сражении за Малоярославец был остановлен Кутузовым и отступил по разорённой Смоленской дороге. Русские войска перешли в контрнаступление, которое Кутузов организовал так, чтобы армия Наполеона находилась под фланговыми ударами регулярных и партизанских отрядов, причем Кутузов избегал фронтального сражения большими массами войск.
Благодаря стратегии Кутузова огромная наполеоновская армия была практически полностью уничтожена. Особо следует отметить, что победа была достигнута ценой умеренных потерь в русской армии.
За победу в Отечественной войне Кутузов был удостоен ордена Святого Георгия 1-го класса, став первым в истории ордена полным Георгиевским кавалером.
В январе 1813 года русские войска перешли границу. 5 апреля главнокомандующий простудился и слёг в небольшом силезском городке Бунцлау. Александр I прибыл проститься с очень ослабевшим фельдмаршалом. Император сказал: «Прости меня, Михаил Илларионович!» Кутузов ответил: «Я прощаю, государь, но Россия вам