Мечеть Калян занимает большую площадь (180×130 м) и имеет традиционный двор, окруженный галереями. Вокруг двора располагаются купольные галереи, где 288 куполов покоятся на мощных столбах, а внутри галерей царят полумрак и прохлада. Во время празднеств в бухарской мечети могли одновременно разместиться до 10 000 человек.
В XVI–XVII веках Бухара вновь достигла своего былого расцвета, что сказалось и на ее архитектурном облике. Город был коренным образом перестроен, изменилась его планировка, появились ансамбли, которые и определили лицо города, сохранившееся до наших дней. Однако внутри стен старой Бухары всегда была страшная теснота, еще в Х веке из-за антисанитарии, нечистот и зловония город называли «отхожим местом страны». Положение усугублялось еще и тем, что многочисленные кладбища, ранее находившиеся за городскими воротами, после возведения в XVI веке новых стен оказались в черте города.
Скученность жилищ в Бухаре достигала невероятных масштабов, и зодчим приходилось проявлять чудеса небывалой изобретательности, сооружая 2—3-этажные каркасные жилища. Например, в старой еврейской махалля жилые дома в несколько этажей представляли собой прижатые друг к другу и сильно вытянутые вверх строения с внутренним двором-колодцем, в который выходили окна: на дне таких колодцев всегда было темно, грязно и душно.
Бухара была разбита на большое число гузаров (кварталов), которые представляли собой исторически сложившуюся административно-бытовую систему города. Жители издавна селились в Бухаре слободами, что нашло свое отражение и в названиях многих гузаров: в Пухтабофон жили лучшие ткачи, Ахтачи – оскопители баранов, коз и телят, Зубда – продавцы пахучих трав, Лойхуракон – едоки глины, Гарибия – безродные и т. д.
Дворец эмира на площади Регистан – это небольшая, но высокая и неприступная крепость с одними воротами. В средние века вход в него шел по пандусу, круто поднимающемуся вверх через башенные ворота и крытый проезд. В одной из стен дворца на недосягаемой высоте виднеется окошечко, в которое эмир показывался народу. Под ним располагался бухарский арсенал – небольшой навес, из-под которого выглядывали пушки.
Рядом с входными воротами висела огромная плеть (камчин) – символ эмирской власти. В верхнем ярусе ворот Арка были установлены вывезенные из Коканда трофейные часы-куранты, которые звонили каждый час. Во время религиозных праздников, отъезда и приезда эмира, а также во время выдачи войскам денег в цитадели играл оркестр.
Внутри цитадели, под самым пандусом, находились помещения страшной «канахоны» – камеры для заключенных. Персидские клопы (кана), которые обитали в этих печально известных камерах, впивались в тела узников, доставляя им жестокие