Как феодальный город Бухара начала складываться в VI веке, когда тюркский предводитель Шири-Кишвар, подавив восстание бедноты, сделал город cвоей столицей. Город, называвшийся тогда Нумиджгат, возник в низовьях Зеравшана – там, где река, уже отдавшая свои воды полям и садам, терялась в камышовых зарослях. Коренное население Бухары было тогда иракского происхождения: оно исповедовало зороастризм, о чем говорит построенное здесь святилище огня.
В VII веке правитель Бидун восстанавливает цитадель и сооружает в ней замок, «по плану подобный созвездию Большой Медведицы». С тех пор крепость Арк и стала ядром феодальной Бухары: в ней расположились дворцы, правительственная канцелярия, храм, казначейство и тюрьма. Вокруг цитадели и начинает слагаться собственно город – шахристан, обведенный четырехугольником крепостных стен. С западной стороны простиралась площадь Регистан, за которой тянулись поместья феодалов, где среди зелени садов высились укрепленные замки. Вне шахристана стал формироваться торгово-ремесленный пригород (рабад), который в 850 году тоже был обнесен стенами.
Но эти стены не спасли город от нашествия армии правителя Арабского халифата. Защитники Бухары наносили сильные удары по арабским войскам, но путем обмана и вероломства тем удалось захватить город. Когда военачальник Кутейба взял Бухару, он потребовал, чтобы половина домов в городе была передана арабам, а жители близлежащих окрестностей должны были поставлять им дрова, съестные припасы и клевер для конницы.
Целое столетие в истории Бухары связано с арабским завоеванием, что, конечно же, отразилось на жизни города. Однако военные действия в течение столь длительного времени и неоднократные народные выступления не нанесли Бухаре серьезного ущерба: город ни разу не был взят штурмом и разграблен. В трудных случаях бухарцы предпочитали заключать пусть самый тяжелый мир, нежели держать изнурительную оборону.
После арабов в Бухару пришел Чингисхан, который отдал город на разграбление. Нашествие монголов превратило эти цветущие оазисы в груды развалин: от пожара сгорела большая часть города, уцелели только соборная мечеть и некоторые дворцы, построенные из кирпича. Однако ни войны, ни раздоры местных феодалов не могли остановить развитие Бухары, которая росла сказочно быстро. Строительство здесь не прекращалось даже и тогда, когда Бухара, вошедшая в состав империи Тамерлана, потеряла свое политическое значение и отошла на задний план, так как великий завоеватель сделал своей столицей Самарканд. После распада империи Тамерлана и последовавшего за этим завоевания страны узбеками Бухара мало-помалу вновь начала приобретать значение столичного города.
Самым ранним из сохранившихся в Бухаре исторических памятников является мавзолей Саманидов. Народные предания связывают возведение мавзолея с именем Исмаила Самани – самого выдающегося представителя этой династии, правившего в 892—907-е годы. Однако научные исследования приводят к выводу, что