Примечательно, но уже тогда в карты и договоры, касаемые границы, закралось немало неточностей. Линия границы проводилась без привязки к местности. На некоторых участках рек она проходила не по фарватеру, как было принято, а по китайскому берегу. Это стало миной замедленного действия, взорвавшейся спустя сто лет. Но на тот момент для России главным было закрепиться на новых позициях, отвоеванных без единого выстрела! Это блестяще удалось, договор был подписан.
После подписания договора русская делегация переправилась через Амур в ближайшее русское поселение. Это было укрепление Усть-Зейск. Здесь генерал-губернатор отслужил молебен и продиктовал приказ по войскам. В приказе говорилось: «Товарищи! Поздравляю вас! Не тщетно трудились мы: Амур стал достоянием России! Православная церковь молится за вас! Россия благодарит». В память о подписании Айгуньского договора Усть-Зейск был переименован в Благовещенск. Император одобрил действия генерал-губернатора и присвоил ему графский титул. Отныне Муравьев стал графом Муравьевым-Амурским.
Однако император Китая не признал результаты Айгуньского договора и в связи с этим буквально через две недели был подписан Тяньцзинский трактат, в котором говорилось лишь о намерении провести демаркацию границы в Приамурском и Уссурийском крае, но не указывались конкретные географические объекты.
Из-за пассивности китайской комиссии в работах по демаркации границы российской стороной были самостоятельно установлены пограничные знаки с указанием координат по рекам Уссури и Салгача. В конечном итоге была составлена карта с обозначением пограничной линии. Она была одобрена обеими сторонами 2 ноября 1860 года в ходе подписания дополнительного Пекинского договора. В Пекинском договоре подтверждалось закрепления земель левого (северного) берега Амура за Россией, а земель правого (южного) берега – за Китаем. Острова на Амуре не были разделены между странами. На карте была проведена красная линия, проходившая посередине островов, т. е. не была юридически четко установлена принадлежность сторонам территорий островов. На Уссури эта линия разграничения проходила в основном по левому берегу, так как он был меньше подвержен размыву водой.
Пекинский договор фактически завершил территориальное разделение между Россией и Китаем на Дальнем Востоке. В его развитие 1861 году русские и циньские уполномоченные обменялись картами и протоколами, являющимися приложением к Пекинскому договору 1860 года.