У часи незалежної України в українській історіографії ніби відбулася «реабілітація» Сагайдачного, який увійшов до пантеону українських національних героїв козацького періоду. Щоправда, це, радше, був герой другого плану. На першому місці опинилися Богдан Хмельницький та Іван Мазепа.
Як уже говорилося, в незалежній Україні було зроблено чимало для вшанування пам’яті Сагайдачного. Хоча, за великим рахунком, у книгах-синтезах, присвячених історії України, що виходили в період незалежності, йому не особливо приділялася увага. Згадувалося в них про морські походи цього козацького ватажка, взяття ним Кафи в 1616 р., іноді – про походи на московські землі у 1618 р., про сприяння Сагайдачного у відновленні православної ієрархії в 1620—1621 рр. і, звичайно, про його участь у Хотинській битві 1621 р.
Небагато говорилося про нього і в «Історії українського козацтва» – виданні, яке претендувало на те, щоб на широкій документальній основі створити узагальнений образ козацького феномена. В дослідженні, правда, зазначається, що початок XVII ст., час діяльності Сагайдачного, – важливий період в козацькій історії. «У перші десятиріччя XVII ст., – читаємо в цій книзі, – енергії козацтва вже вистачало на діяльність майже одночасно на кількох напрямках. Це була так звана героїчна доба його історії. Якщо все попереднє століття було довгим періодом накопичення кількісних і якісних змін у козацтві, які ставали помітними лише в порівняно довгий проміжок часу, періодом, коли козацтво тільки визначало свої пріоритети і набиралося досвіду, то тепер ситуація принципово змінилася. Різке зростання чисельності козацтва, що припало саме на цю добу, відкрило перед ним нові можливості в масштабах діяльності»101. Зокрема, відзначалося, що козаки здійснювали напади на турецькі міста-фортеці на березі Чорного моря. «Одним із найважливіших за значенням, – говорилося там, – став напад козаків на Кафу, центр турецьких володінь у Криму, здійснений у 1616 р. козацькою флотилією на чолі з Петром Сагайдачним»102. Звісно, йшлося в книзі й про Хотинську битву 1621 р. При цьому відзначалося, що «фактично основою збройних сил» Речі Посполитої «в цій кампанії стали українські козаки на чолі з Петром Сагайдачним»103.
Хоча загалом в «Історії українського козацтва» на ролі Сагайдачного в історичних процесах особливо увага не зверталася. Принаймні в даному випадку роль провідника в трактуванні подій відходила на задній план. На передньому ж плані опинилися народні маси.
Та все ж з’явилися наукові роботи, у т. ч. монографічні дослідження, де наголошувалося на особливій ролі Сагайдачного в подіях, які відбувалися на українських землях на початку