Греческие колонии, вынужденные платить дань и предоставлять суда и моряков для персидской армии, несколько лет вели себя тихо. Греческие моряки и суда даже принимали участие в первом походе персов в Европу, которую возглавил Дарий, преемник сына Кира – Камбиза, для завоевания Фракии. Греческий инженер из Самоса построил наплавной мост через пролив Босфор, по которому и переправилась азиатская армия, в то время как греческий флот прошел под парусами вдоль фракийского побережья вплоть до устья Дануба (современного Дуная). Одной из целей этой экспедиции было подчинить персидскому влиянию земли восточнее реки Аксиус и заставить Македонию покориться Дарию.
До сих пор не было непосредственного столкновения между Персидской империей и собственно Грецией. Но искры сопротивления уже долгое время тлели в ионических городах, выливаясь порой в ряд восстаний, в результате которых свергались тираны, единолично правившие этими городами, и устанавливалась былая демократия. Теперь же эти искры вспыхнули ярким пламенем. Новый призыв о помощи был обращен к Спарте и снова отвергнут ею; но Афины и Эретрия послали в поддержку восставших суда и людей. С их помощью Аристагор Милетский, предводитель восстания, предпринял поход на Сарды. Восставшие не смогли взять центральную крепость, но то ли случайно, то ли намеренно сожгли город. В последующих сражениях восставшие потерпели поражение, и афиняне отозвали свои суда. Дарий был разгневан сожжением лидийской столицы и, как повествует легенда, выспросив, кто такие афиняне и где они живут, велел своему рабу трижды в день, после каждого приема пищи говорить ему: «Господин, помни про афинян».
Дарий помнил также и про эретрийцев. После того как восстание греческих городов в Малой Азии было подавлено, а Фракия и Македония снова покорены, была предпринята экспедиция против Афин и Эретрии. Персидский флот (шестьсот кораблей, по словам Геродота) прошел по Кикладам[9], захватывая один остров за другим. Эретрия была опустошена, город взят штурмом, его жители проданы в рабство. Тем, что Афины не постигла та же участь, ее жители обязаны Каллимаху[10], Мильтиаду[11] и воинам, участвовавшим в битве при Марафоне.
Войска Дария и последних персидских правителей состояли из людей множества национальностей, набранных в самых дальних углах громадной империи. Это крайне неоднородное сборище включало в себя представителей племен с отрогов Гиндукуша, чернокожих лучников из Эфиопии и белокурых греков из прибрежных городов. У подобной армии не могло быть сколько-нибудь сильных патриотических чувств, и весьма сомнительно, чтобы все это разнородное сборище пришло служить своему владыке по доброй воле. Девяносто лет спустя Ксенофонт упоминает в своих