Две его компании процветали и имели блестящие перспективы. Однако в правлении нефтеперегонной компании постепенно возникли трения. Рокфеллер не очень ладил с двумя братьями Мориса Кларка, которые противились быстрому расширению бизнеса. Даже с мудрым, благожелательным Морисом у него не складывались отношения, так как эти старшие по возрасту люди не могли оценить его способности должным образом. Очевидно, что к 1863 году он, благодаря силе своего интеллекта и характера, стал доминирующим партнером комиссионной фирмы. В нефтяной же фирме трех Кларков для него стало слишком много. Даже когда Эндрюс, уравновешенный, непреклонный молодой человек становился на его сторону, им двоим не хватало решающего голоса. С усилением напряженности Морис солидаризировался с братьями, Эндрюс же, знавший, что Рокфеллер сочетал в себе дар перспективного планирования и четкого управления, поддерживал своего искусного молодого партнера.
Хотя вначале нефтеперегонный завод считался побочным предприятием, в течение года таковым стал именно комиссионный бизнес. Рокфеллер вскоре активно увлекся нефтепереработкой. Интуиция быстро подсказала ему, что при соответствующем капитале и усилиях завод открывал более широкие возможности, чем комиссионный бизнес, что завод находится на стадии становления и нуждается в руководстве, что будущее принадлежит не скороспелым энтузиастам, а энергичным, находчивым и благоразумным людям.
Все предприниматели, осваивающие новую сферу деятельности и не владеющие достаточными технологическими знаниями, были поэтому нерасчетливы в методах работы и не сведущи в ее результатах. Рокфеллеру претило расточительство. Он верил, что одним из секретов успеха было внимание к деталям. Он сделал Эндрюсу предложение: «Давай наймем паяльщика на месяц. Давай также купим собственные трубы, стыковочные муфты и другой материал для спайки». Они сэкономили минимум половину стоимости спайки. Вскоре в острую проблему превратились бочки. Бондари завышали цену, нерегулярно осуществляли поставки. В 1864 году «Эндрюс, Кларк энд компани» построила собственную бондарную мастерскую, в которой установили запатентованное новое оборудование. Компания закупила бревна белого дуба. Вместо транспортировки свежих бревен в мастерскую, как делали большинство производителей, их высушивали в кладках и везли в сухом виде, экономя на буксировке. В короткое время они наняли собственные бригады и вагоны для транспортировки, и это