Были разграблены униатские хранилища, уничтожены документы, избиты другие униатские священники.
Началась расправа. Римский папа писал польскому королю Сигизмунду III: «Да будет проклят тот, кто удержит меч свой от крови. Итак, ты не должен удерживать от меча и огня».
На Витебск пошли правительственные войска. Многие участники восстания во главе со Степаном Пасиорой бежали, остальных суд во главе с канцлером Великого княжества Литовского Львом Сапегой в три дня приговорили к смертной казни. Из 100 приговоренных половину отбили витебчане.
В 1632 году один из московских разведчиков докладывал начальству о состоянии укреплений Витебска:
«От Сезрожи 40 верст город Витебск богат город делать земляной да не доделан, се стоит на горе, на не строен, взять его можно 500 человек, дворов мещанских с 2000, стоят не стройно, врозни, а живут люди не боевые, войны не знают».
По инвентарям 1638, 1639 и 1641 годов видно, что Верхний замок был сильно разрушен, в нем осталось 9 пушек. В замковом дворе стояло около 50 домов витебской элиты.
Нижний замок, почти уничтоженный, восстанавливался из дерева на каменных остатках стен.
В 1644 году Витебску было возвращено Магдебургское право.
Магдебургское право позволило оживить жизнь в городе. В середине XVII века в Витебске было около 10 000 жителей, работали мануфактуры – металлообрабатывающие, гончарные, кожевенные, медоварные, воскобойные мастерские, гостиный двор, красовался дворец магнатов Огинских. Витебск – снова крупный торговый и ремесленный центр. Ненадолго – началась очередная русско-польская война 1564–1667 годов.
В августе 1654 года Витебск окружило 20-тысячное войско московского воеводы В. Шереметева и казаки В. Золотаренко. В городе «сели в осаду» 10 000 человек, делавших частые вылазки. 27 августа В. Шереметев получил царский приказ: «Под Витебском промышлять подкопом и зажогом и сговором и разными военными промыслами, а приступать не велено, для того, чтоб в служилых людях потери не учинить».
Осада продолжалась 3 месяца. Между московскими и витебскими шли переговоры. К городу привезли пушку «Скворец» с приказом жечь Витебск. В сентябре московские полки штурмовали Витебск, но неудачно.
В октябре в замке кончился порох, начался голод. 22 ноября 1654 года Витебск был взят штурмом и до 1667 года был занят московскими войсками. В период с 1654 по 1667 год замки Витебска были восстановлены в каменном виде, в город привезли много пушек и боеприпасов.
В Оружейной, Золотой, Серебряной палатах Московского Кремля по приглашению царя Алексея Михайловича работали много мастеров-белорусов, среди которых было 44 витебчанина – оружейники, серебряники, резчики по дереву и кости.
В 1664 году по приказу Алексея Михайловича был составлен «Чертеж города Витебска», сохранившийся до наших дней средневековый облик города.
В мае 1667 года по Андрусовскому перемирию Витебск был возвращен Речи Посполитой. Король