После 1520 года в Испании появились лютеранские реформаторы и Карл V тут же издал указ о преследовании лютеран в своих владениях. В сентябре 1520 года он издал указ с повелением всех обличенных в ереси казнить на эшафоте, обезглавливать, в яме закапывать живыми, и сжигать на костре. К еретикам относились все читатели, переписчики и продавцы лютеранских сочинений, хозяева домов, где устраивались их собрания, все, спорившие публично или дома о священном писании и защищавшие и проповедовавшие лютеранство. Невежество и тупость с успехом возводились инквизицией в добродетель.
В XVI веке инквизиция стала грозным оружием контрреформации. В XVI–XVII веках было уничтожено много книг, изобретений, подверглись преследованиям многие гении человечества. В странах Европы были проведены массовые «ведьмовские процессы», приведшие к гибели тысяч невиновных женщин, сожженных живьем. Инквизиция была введена во всех испанских колониях. Во всех портовых городах были ее отделения, служившие карантином против занесения ереси. Инквизиция проникла в Португалию и Голландию. Инквизиция искореняла протестантство и любые отклонения от истинного католицизма, преследовала масонов, свободомыслящих, магов, астрологов, астрономов, ведьм, кудесников. Инквизиторы занимались цензурой книг и картин, следили за университетским образованием и преподаванием, контролировали школьное дело, влияли на внешнюю политику, не допускали союзов с лютеранскими странами, создавали католические коалиции для борьбы с еретическими государствами.
XVI век стал столетием открытий, в корне меняющим старое мировоззрение, обновляющим нравственные представления человечества.
Польский астроном Николай Коперник (1473–1543) за несколько дней до смерти издал труд своей жизни «Об обращении небесных сфер». Он утверждал, что земля, как и другие планеты, вращается вокруг Солнца. Он доказал, что Земля не является центром Вселенной. В предисловии Коперник написал, что тридцать шесть лет из-за зверств инквизиции не решался опубликовать свою главную работу. Инквизиция не успела заковать великого астронома, но запретила его книгу до 1828 года.
В 1609 году великий астроном, математик и физик Галилео Галилей (1564–1642) создал телескоп, с помощью которого доказал справедливость выводов Коперника. Он открыл десятки звезд, невидимых глазом, горы на Луне, пятна на Солнце, спутники Юпитера, кольца Сатурна. Инквизиция обвинила Галилея в богохульстве