Через неделю после начала деятельности Сант-Оффицио сожгли шесть осужденных, еще через неделю семнадцать. За полгода сожгли триста человек и почти сто осудили на вечное заточение. Сжигаемых было так много, что севильский губернатор из камня построил особый постоянный эшафот, называемый квемадеро. На его верхней площадке установили четыре большие гипсовые статуи пророков. Внутри этих статуй была пустота, куда вводили осужденных. Внизу зажигали костер и люди в мучениях погибали в этой огненной печи. Иногда инквизиторам недоедало однообразие и приговоренных просто привязывали к статуям.
Спешность процессов, доносы, личные пристрастия инквизиторов, желание завладеть чужим имуществом часто отправляли на костер ни в чем не повинных людей, истинных и искренних католиков. Теперь и марраны и богатые католики спешили вырваться из Испании во Францию и Португалию, даже в Африку. Множество людей жаловались в Рим и канцелярия Ватикана была завалена жалобами на жестокость севильских инквизиторов. Папа Сикст IV указал Фердинанду и Изабелле на жестокость трибунала. Папа заявил в своем послании, что Морило и Мартен заключают в тюрьмы истинных католиков, подвергают их жестоким мучениям и, чтобы овладеть их имуществом, объявляют их еретиками и ведут на казнь. Папа рекомендовал испанским королям устранить инквизиторов. Было поздно, Фердинанд и Изабелла поняли политическую силу инквизиции. Сант-Оффицио быстро превратился в орудие власти, в средство удалять с ее пути все, что могло вредить этой власти, будь то евреи, арабы, непослушные католики, и даже строптивые епископы. Вторая инквизиция стала королевской и имела очень относительное отношение к Ватикану. Под давлением Фердинанда и Изабеллы папа назначил Торквемаду в 1483 году великим инквизитором Кастилии и Арагона, в 1486 году – Валенсии и Каталонии.
Томас Торквемада составил инквизиторский кодекс и процедуру инквизиторского суда, разработал организационную структуру органов инквизиции. Был создан центральный инквизиционный совет, Consejo de la suprema и десять местных трибуналов. В 1484 году Торквемада собрал в Севилье общий съезд всех членов испанских инквизиционных трибуналов, на котором были приняты десятки постановлений, регламентировавших инквизиционный процесс. Постановления определяли устройство трибуналов, «отсрочку милосердия» для желающих сознаться и обратиться, публикации приговоров против еретиков и отступников, устанавливали инквизиторскую иерархию, расписывали все случаи, которые могли возникнуть во время инквизиционного процесса. Кто сознавался, тот мог рассчитывать на помилование, но только если называл других еретиков. Любые