Особое внимание Мария Федоровна обратила на Воспитательные дома. За 30 лет из поступивших в них 65 тыс. младенцев в живых осталось 7 тыс. Императрица заключила, что ужасающая смертность детей связана главным образом с теснотой помещения. Для улучшения условий в Санкт-Петербурге государь пожаловал Воспитательному дому обширный особняк графа Разумовского на Мойке. К этому зданию был прикуплен еще соседний дом графа Бобринского. (В этих зданиях Воспитательный дом располагался до 1917 г.) Императрица реорганизовала Опекунский Совет так, чтобы каждый его член “высокого и знатного рода” сверх участия в общем управлении заведовал отдельным учреждением или частью учреждения, причем “без всякого вознаграждения, из любви к Отечеству и человечеству”. Мария Федоровна также заботилась об увеличении доходов Воспитательных домов. Вступив в управление, императрица обнаружила, что кредит Сохранных казен упал, обороты значительно сократились.
Благодаря энергичным мерам, предпринятым императрицей, Сохранные казны быстро оправились, и уже в 1799 г. из их доходов заимообразно была отпущена значительная сумма Государственному казначейству для завершения строительства Вытегорского канала, названного в честь императрицы “Мариинским”. К 1812 г. обороты казен представляли огромную по тому времени сумму в 105 млн руб.
Заботясь об устройстве уже существующих, императрица открывала и новые учебные и благотворительные заведения. К 1802 г. в Петербурге и Москве были открыты женские учебно-воспитательные учреждения им. Св. Екатерины. В 1807 г. основан Павловский военно-сиротский институт, в 1817 г. – Харьковский институт благородных девиц для дочерей дворян и купцов всех гильдий с обучением приходящих девиц за плату и без платы. Причем начальству предписывалось заботиться не только о трудоустройстве выпускниц, в основном гувернантками, разбирать их несогласия с семействами, где они будут жить, печься о выдаче их в замужество, а также ходатайствовать по делам воспитанниц и после выпуска их из заведения. Уставы этих первых учреждений сохранились неизменными до 1913 г.
Императрица заботилась о воспитании дочерей нижних чинов армии и флота. В 1820 и 1823 гг. были открыты два училища для солдатских дочерей полков лейб-гвардии. Для детей нижних чинов морского ведомства в 1826 г. учреждены училища в Севастополе и Николаеве. Кроме того, в 1806 г. на своей даче в Павловске (близ Санкт-Петербурга) Мария Федоровна на свои средства открыла училище для глухонемых детей обоего пола.
С 1801 г. в ведение императрицы поступила первая по времени учреждения больница императора Павла I, основанная в Москве в 1763 г., когда Павел был еще великим князем. В 1802 г. был открыт новый Воспитательный дом на средства Марии Федоровны в Гатчине.
К числу наиболее значимых учреждений императрицы относятся Вдовьи дома – один в Санкт-Петербурге, другой в Москве (оба существовали