Венцом деятельности императора Николая I было учреждение сиротских институтов. Войны и холерная эпидемия 1830–1831 гг. оставили сиротами огромное число детей, нуждавшихся в призрении. В 1834 г. при Воспитательных домах Санкт-Петербурга и Москвы открылись сиротские отделения на 50 мест в каждом, затем латинские и французские классы. В них дети обоего пола получали столь основательное образование, что после латинских классов могли поступать в медико-хирургическую академию, а из французских классов выходили воспитатели в частные дома. Дети, рожденные вне брака, вместе с сиротами получали прекрасное образование. Это породило отказ родителей от детей. Обнаружились факты, когда родители из бедных семей тайно приносили своих детей в дома, в надежде на их счастливую будущность. Император Николай I положил конец этому ненормальному явлению. С 1837 г. латинские и французские классы были упразднены, а взамен их учреждены институты для воспитания сирот офицеров военной и гражданской службы. Из сиротского мужского института (на 300 детей) при Московском Воспитательном доме в 1847 г. образовался Кадетский корпус с выходом из Ведомства императрицы Марии Федоровны.
К середине XIX в. остро встал вопрос женского образования. Частных пансионов и институтов благородных девиц Ведомства явно не хватало. В апреле 1859 г. в Санкт-Петербурге было освящено первое в России открытое женское учебное заведение – женская гимназия для дочерей лиц всех сословий и вероисповеданий. В начале 70-х гг. XIX в. число женских гимназий в Российской империи превысило число мужских. Но желающих получить хорошее образование было гораздо больше. Купцам и другим сословиям было разрешено помещать дочерей за плату в закрытые институты благородных девиц Ведомства императрицы Марии, за исключением нескольких учебных заведений для детей потомственных дворян.
К 1828 г. Сохранные казны Ведомства располагали 354 млн руб., к 1860 г. – 1 млрд руб. Из казен до 5 млн руб. в год составляли неприкосновенные капиталы Воспитательных домов и некоторых благотворительных учреждений. Часть доходов казен совместно со средствами Государственного казначейства шла на содержание Кадетских корпусов. Перед крестьянской реформой капиталы Сохранных казен были переданы Министерству финансов с сохранением за Ведомством императрицы Марии.
К 1873 г. осуществлены значительные