Мы хотим, чтобы денежные сборы не шли неизвестно куда, чтобы их не крали, чтобы правительство давало народу отчет в собранных с него деньгах. Мы хотим открытого и словесного суда, уничтожения императорской полиции – явной и тайной, уничтожения телесного наказания.
Мы хотим, чтобы земля принадлежала не лицу, а стране, чтобы у каждой общины был свой надел, чтобы личных землевладельцев не существовало… чтобы каждый гражданин, кто бы он ни был, мог приписаться к общине существующей или несколько граждан могли бы составить новую общину. Мы хотим сохранения общинного владения землей с переделами через большие сроки. Правительственная власть не должна касаться этого вопроса…
Мы хотим, чтобы срок службы солдату не был целая вечность, убивающая в нем все гражданские способности, все человеческие силы, делающая его никуда не годным к отставке… Пусть наше войско будет ополчением: пусть каждая губерния составляет свою дружину…
Мы хотим сокращения расходов на царскую фамилию…
Наконец, мы хотим совершенного изменения основных законов.
Довольно дремать, довольно заниматься пустыми разговорами… Довольно корчить либералов, наступила пора действовать».
После присуждения к каторге Михайлова, взявшего на себя в целях спасения друзей авторство всех прокламаций, Шелгунов и его жена решают ехать вслед за ним в Нерчинский округ (Иркутская губ.), что и было непосредственным поводом оставления Шелгуновым службы. Уже в сентябре 1862 года Шелгунов был арестован и более чем полтора года отсидел в Алексеевском равелине Петропавловской крепости. Затем Шелгунов был лишен права на пенсию и ношение мундира и выслан 2 декабря 1864 года в Вологодскую губ. (Михайлов же умер на каторге в 1865 году). Поведение Шелгунова на следствии высоко оценил Чернышевский: «Честнейший и благороднейший человек Николай Васильевич, такие люди редки. Прекрасно держал себя в моем деле».[5]
С декабря 1864 года по 1877 год Шелгунов жил в ссылке (Вологда, Тотьма, Великий Устюг, Никольск, Кадников, снова Вологда, Калуга, Новгород, Выборг). Свои перемещения, приближавшие его к любимому Петербургу, шутливо сравнивал с «повышением его в чинах». Шелгунов был автором многочисленных статей, в частности в журнале «Русская мысль». В области литературной критики Шелгунов отстаивал принципы реализма и гражданственности, разрабатывал проблему положительного героя и народного характера в литературе, критиковал сторонников теории «чистого искусства». Похороны Шелгунова 15 (27) апреля 1891 превратились в многотысячную антиправительственную демонстрацию, в которой участвовали и рабочие.
Шелгунов был не одинок