Сосредотачиваясь на решении федеральных задач, они часто дублировали друг друга, а главное – упускали из вида цели региональной политики. Неопределённость механизмов подчинения этих органов осложняли взаимодействие с ними и не всегда позволяли в необходимой степени координировать их действия с соответствующими подразделениями субъектов Федерации. Думается, что решение данной проблемы возможно, главным образом, за счёт нормативного введения принципа двойного подчинения органов исполнительной власти. В этом случае первые руководители исполнительных органов субъектов Федерации (главы республик, губернаторы, главы администраций, мэры) станут непосредственно подчиняться федеральному Президенту и федеральному Правительству, а также будут подотчётны региональным законодательным органам. В свою очередь, региональные представительства федеральных министерств и ведомств будут непосредственно напрямую подчинены первым руководителям региональных исполнительных органов, а также федеральным отраслевым министерствам и ведомствам. Механизмы всех этих взаимодействий были достаточно хорошо отработаны в прошлом, их надо только законодательно восстановить.
Некоторые авторы полагают, что разграничение предметов ведения между федеральными органами исполнительной власти, с одной стороны, и органами исполнительной власти субъектов Федерации, с другой стороны должно осуществляться на основе двусторонних соглашений (договоров). По этим соглашениям федеральные органы будут передавать права (и средства) на осуществление своих функций региональным органам, сохраняя за собой право контроля над их деятельностью.
Конечно, данная форма решения проблемы взаимодействия федеральных и региональных органов исполнительной власти возможна, но представляется достаточно сложной и малоэффективной.
Судя по всему, здесь более продуктивным будет нормативное введение принципа двойного подчинения. В содержание этого принципа могли бы войти следующие положения:
1) при создании региональных органов федеральных министерств и ведомств необходимо согласовывать их функции, полномочия, а также штатную численность с руководством исполнительного органа субъектов Федерации;
2) наделить первых руководителей исполнительной власти субъектов Федерации правом руководства и координации деятельности региональных органов федеральных министерств и ведомств с целью эффективного использования их функций и полномочий в интересах общерегиональной социально-экономической политики;
3)